AndroidStudo运行Android项目报错java.lang.NoSuchMethodError: No virtual method

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问题

Android Studio导入一个github上的开源项目，能编译成功并安装到真机，但是在运行的时候就会报java.lang.NoSuchMethodError: No virtual method错误。

分析

代码里是能够看到调用的方法，函数声明和调用也都一致。不是代码的问题，如果是代码问题，那编译的时候就应该报错了。
网上对于这个问题，大多数提到的解决方式是禁用AS的InstantRun，但是我禁用完之后并没有用，只是报错信息变成了java.lang.ClassNotFoundException: Didn’t find class。
对于开始的报错NoSuchMethodError，网上还有的说法是因为multidex引起的，但是我看过Android官方文档，我的应用在编译的时候并没有65535的报错。所以我的应用应该没有超过65535的限制，也就是不是这个原因了。
除了这两个就没有看到其他的解决方法了。

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联想到java的包引用的问题，会不会是调用的位置由于某种原因引用不到被调用的方法。项目结构是这样的：

应用的包名是com.myapp，在com.myapp.a中的java文件调用了com.b中的方法，导致了最后的报错，那是不是因为被调用的方法声明不在应用包名下面的引起的。于是把b包移动到了com.myapp下面，再编译安装运行就成功了。

但是事情并没有结束。。。
我新建了一个工程，按照这个结构自己写了一个方法。运行的时候却发现并没有报错。。。所以没有放在应用包名下不是根本原因。
日志里面还有一个报错Failed to create oat file，可能是跟这个有关的。

参考:
app crashed wiht classes.dex permission denied error
Failed to create oat file
配置方法数超过 64K 的应用