Open MPI 的配置和使用
最近想要投IEEE Cloud 这个会议，因此需要做一些实验。为了比较节点之间的通信性能，采用了MPI benchmark来作为基准的测试程序
实验采用的是NASA的NPB(NASA Parallel Benchmark)。实验平台是Plane-Lab。由于涉及到了MPI程序，因此要用到MPI类库。之前一直用的是MPICH，但是Planet-Lab的安装源没有MPICH只有Open MPI只好该有后者了！
由于是刚接触Open MPI， 因此在整个实验中碰到了一些问题，最后终于解决了。现在把这些问题及解决方列出来：
1.安装Open MPI
由于，Planet-Lab源上有，所以直接yum就好了。如果没有可以手动下载源代码编译，不过要手动解决一来问题。。。
sudo yum install openmpi
2.MPI程序的运行
如果是在单一节点上：
mpirun -np n exe
n 是进程个数，exe是执行文件的名字。
如果是多个节点：
mpirun -hostfile hostfile -np n exe
hostfile 是参与计算的节点列表。其格式如下：
ip1
ip2
ip3
上面的命令，则本地节点也会参与运算，不推荐这样(本地节点复制调度最好)，可以采用如下方法：
mpirun -nolocal -hostfile hostfile -np n exe
则可以让本地节点不参与计算。
一般来说mpi程序都是部署在集群上运行的，但是我的节点是都是部署在internet环境下，因此有很多意想不到的错误发生：
ip1[0,1,0]：connect() failed with errno=110
ip2[0,1,1]: connect() failed with errno=110
具体的错误原因可以用查看：
$: perl -e 'die$!=110 |
从错误来看是超时错误，然后网上搜索下，又不会少人都是这个问题，他们的程序都是运行在集群上。
从搜索结果总结出，问题的原因是：节点具有多个网卡、多个节点共享一个ip(局域网很常见)。
解决这个问题可以通过设置MCA参数。通过查阅MCA文档终于找到解决的办法：
--mca btl_tcp_if_include eth0
改参数定义了强制使用第一块网卡来通信！最后整个命令如下：
mpirun -hostfile hostfile --mca btl_tcp_if_include eth0 -np n exe
另外还有不少错误事mca参数设置造成的，可以通过mca参数更改来搞定。如果不想每次运行都输入mca参数。可以在
$home/.openmpi/mca-params.conf 中直接定义：
oob_tcp_include=eth0
btl_tcp_if_include=eth0
关于mca详细的定义可以参考：
http://docs.sun.com/source/819-7480-11/mca-params.html#50634789_63357