利用VMD在Unity中展示蛋白质的球棍模型和飘带模型

VMD看似轻巧，可是却是非常强大的蛋白质可视化软件，有点类似Blender短小精悍~

之前导师（做生物的）让我做一个展示内容，要能用VR来观察蛋白质分子的各种形态，以及他们的动画，于是我就简单研究了一下，借助师兄师姐的帮助，在这里做一个简单的总结。VR部分我就不说了。

首先，在PDB数据库（http://www.rcsb.org/）中下载你想要的蛋白质，主要，下载蛋白质的PDB文件，然后导入VMD中，VMD的下载链接（https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD）

注意，先点击Browse，找到你的PDB文件，然后确定，再按Load。这个时候你就能看到你的蛋白质模型了。

如何显示不同的蛋白质模型？打开Graphics下的Representations，在Drawing Method选择不同的类型，可以看到默认的是Lines，一般蛋白质都喜欢用飘带模式观察并用颜色来表示其二级结构，所以，我们选择NewCartoon作为其Drawing Method，选择Secondary Structure作为其颜色，可以看到漂亮的蛋白就出来了。在准备导出之前了，我们要将左下角的坐标轴给取消掉，在VMD Main窗口的Display下的Axes中，选择off就取消了，然后就是导出到Unity了。

此时，选中File中的Render，在Render the current scene using 中选择Wavefront(OBJ and MTL)，这是Unity支持的格式，然后在Filename那里选择你想要保存到的地址，注意，filename必须接.obj，接下，在准备导入Unity的时候，必须同时将二者一起导入，或者先导入mtl文件，再导入obj文件，否则会出现材质丢失没有颜色的现象。

这样就完成了在Unity中展示蛋白质的飘带模型，同时，你也可以选择CPK模型，这种模型更近似于蛋白质的球棍模型。

还可以在Representation中的Selections中，选择你想展示的蛋白质的不同部分，包括受体（Receptor）和（配体）Ligand，分别以不同的形态导出，这样就可以更加形象直观的观察蛋白质的结构了。再加个随机旋转，这样一个漂亮的蛋白就很适合展示。

public float tumble;

void Start()

{

GetComponent().angularVelocity = Random.insideUnitSphere * tumble;

}

但是我在生成OBJ和MTL导入Unity中会偶尔出现导入时没有颜色的情况，导入时的方法是没问题的，不知道有没有和我遇到一样问题的童鞋，目前我想到的解决方案是重新下载VMD......