ChIP-Seq数据挖掘系列-5.2: ngs.plot 画图工具ngs.plot.r 和 replot.r 参数详解

ngs.plot

必需参数

参数	参数释义	参数示例
-G	基因组名	hg18,hg19,mm9,mm10; 详情参见： SupportedGenomes
-R	需要展示的基因组区域	tss, tes, genebody, exon, cgi, enhancer, dhs or bed(custom regions)
-C	Bam 文件或配置文件	配置文件详情参见：: HowToUseConfiguration
-O	输出结果名	输出文件前缀

可选参数：

参数	参数释义	参数示例
-E	基因列表或bed文件自定义作图区域	如果不提供列表，那么整个基因组都会被绘图；transcript ID，gene ID 和symbol都适用，可以混着用，一行一个；使用bed文件时，与-R bed连用。
-T	图标题	图的标题

覆盖度生成

Argument	Explanation	Accepted value and notes
-F	为数据库表或画图类型的选择提供的进一步信息	protein_coding,K562,rnaseq (顺序不重要) 表示 coding genes in K562 cell line drawn in rnaseq mode. 更多信息见: UseFurtherInfo；-F [gene_type][,sub_region][,cell_line or tissue][,exon_type][,rnaseq or chipseq]
-D	基因数据库	默认使用 ensembl, refseq.
-L	两侧区域大小	以bp为单位. 默认情况： -R=tss, tes, genebody, -L=2000; -R=exon, cgi, -L=500; when -R=*.bed, -L=1000.
-N	侧翼区域因子	当使用时，两侧区域大小等于interval 乘以侧翼区域因子。这样做的好处就是允许侧翼区域大小可以动态变化，使得做出来的图更加自然。
-RB	粗暴统计过滤	设定极值占总体的比例，将会从数据的两端删除. 默认设置为 0 (0%). 设置为 0.05 表示从总体中移除 5% 极值.
-S	随机抽样率	(0, 1]. 从全基因组或者gene list 中抽取一定比例的样本；对于想快速查看结果有很大的帮助。
-P	调用CPU数量	设置0调用本地所有CPU
-AL	标准化覆盖度向量的算法	覆盖度向量可以时任意长度.但是必须归一化为等长，以便取平均值和作图。.
	spline(default)	先进行曲线拟合，然后以相等的间距取值。
	bin	整个向量被分割成固定数量的大小相等的bin，并计算每个bin的平均值。
-CS	一次加载基因的块多少。	在计算覆盖度时，控制一次加载的基因数目，加载的少消耗内存小花费时间多。
-MQ	设置比对质量阈值过滤reads	默认 20. 20 意味着错配率为 1%.
-FL	建库插入片段大小用于计算物理覆盖度	默认150. ngs.plot 使用物理覆盖度代替reads丰度. 插入片段大小因该是建库插入片段的平均长度
-SS	特定链的覆盖度计算	both(default), same, opposite.
-IN	是否是大间隔	0 或1. 默认情况下, exon 和 cgi 是小 interval; genebody 和*.bed 是大 interval. X轴一般分成5部分；对于小的interval，中间一部分作为interval 区域，两侧各2个侧翼区域；对于大的interval，中间三部分作为interval 区域，两侧各1个侧翼区域。
-FI	是否输出图	0 或1. 设置1表示不输出图，；后续可以利用replot.r处理输出数据生成图。

ngs.plot.r 和 replot.r 共有的参数

通用参数

Argument	Explanation	Accepted value and notes
-FS	字体大小	默认为 12 pt.

富集轮廓图参数

Argument	Explanation	Accepted value and notes
-WD	图的宽度	Default is 8 in.
-HG	图的高度	Default is 7 in.
-SE	布尔值，是否展示标准误差	0 或1. 默认情况下，标准误差将呈现为每个曲线周围的阴影区域。
-MW	移动窗口宽度以平滑轮廓图	默认1没有移动. window 大小的单位就是一个数据点. ngs.plot图中，x轴为100各数据点.
-H	阴影区不透明度	建议值:[0,0.5]。将在每个曲线下添加半透明阴影。
-YAS	Y轴大小	默认自动调整(auto)，也可以通过min_val,max_val设定
-LEG	是否画图列	默认为1，展示图列， 0 不展示图列.
-BOX	是否给图画上边框	默认为1，画出边框， 0 不画边框.
-VLN	是否画竖线	是否画垂直线在位点(e.g., TSS 和 TES)；默认为1，画线， 0 不画线.
-XYL	是否绘制X轴和y轴标签?	默认为1，画出X轴和y轴， 0 不画X轴和y轴.
-LWD	线宽度	默认3 pt.

热图参数

Argument	Explanation	Accepted value and notes
-GO	基因排序算法
	total(default)	第一个轮廓图中总体富集程度
	hc	层次聚类
	max	第一个轮廓图中的peak 值大小。如果表观基因组标记倾向于产生更尖锐的峰，这种选择就更有意义。
	prod	同一区域内所有富集度的乘积。
	diff	第一个轮廓图和第二个轮廓图的差异
	km	K-means 聚类. 默认聚 5 类.
	none	没有使用排序算法。使用基因列表中提供的顺序。
-LOW	基于排序的标准化中read count阈值	默认 10.
-KNC	K-means 聚类的数目	默认为 5.
-MIT	K-means 最大迭代次数	默认20.
-NRS	s设定K-means 随机开始的数	k -均值倾向于局部最优。反复重启它可能有助于找到更好的聚类方法。默认值是30。
-RR	折合率	控制热图的高度。值越小，热图就越高。默认值是30。
-SC	热图的颜色比例	设置数据值映射到颜色的范围。一定范围任何值都将映射到与相同颜色范围。
	local(default)	每一个热图都有一个自己颜色范围
	region	同样region的所有的热图用同样的颜色范围
	global	在当前的图中使用相同的颜色范围
	min_val,max_val	自定义颜色范围；0,5表示最小值是0，最大值是5
-FC	过滤分数	默认 0.02(2%). 最大最小的2%数都丢弃
-CO	热图颜色	对于一对bam文件，使用color-tri(neg_color:[neu_color]:pos_color). 注意: 必需使用 R 的颜色, 例如 darkgreen, yellow and blue2.
-CD	热图的颜色分布	默认为 0.6. 必需是正数. 注意: 数值越低，负数端的颜色间距越大.

参考：

ProgramArguments101

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ChIP-Seq 数据挖掘系列文章目录：
ChIP-Seq数据挖掘系列-1:Motif 分析(1)-HOMER 安装
ChIP-Seq数据挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步骤
ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs
ChIP-Seq数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换
ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据
ChIP-Seq数据挖掘系列-5.2: ngs.plot 画图工具ngs.plot.r 和 replot.r 参数详解