11月9日本地blast(三）

1创建数据库的文件夹

其实这一步很简单，为了方便，就在自己的主目录下创建一个db的文件夹,像这样

/public/home/yourname/db

2从NCBI上下载数据文件

1.点击这个链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
选择你要下载的，当然你也可以用自带的perl脚本一起下载，我是点了一个下载试试看的，我选了nr00。

NCBI都帮你安排好啦

3下载下来以后传到服务器里面，放在刚刚那个文件夹下面，然后使用tar 解压

解压好以后是这样的

特别说明一下，nr.pal这个文件是索引文件，由于我只下载了00，所以要vim 这个文件，删去其他的，这样才能运行，当然你下载了全部也可以哈。

4这样数据库其实已经构造好了，如果要更加方便的话，还要设置一个.ncbirc文件

大家可以参考： http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101jpt3.html
http://blog.csdn.net/flyfrommath/article/details/52945586

然而不知道为什么，我设置了没有成功，我去看了NCBI上面的readme文件，2002年的时候好像不是这么设置的，但是2017的又没有怎么说，不过暂时不影响使用。

5测试一下

1.先去NCBI上面随便下载一个fasta文件的序列
2然后输入

blastx -query test.fa -db /public/home/yourname/db/nr -outfmt 5 -out "result_test"

3 查看 result_test 文件

xml文件

OK ， 这样本地数据库就构建好了。
明天学习一下用法