weixin_33826609
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TCGA学习1--下载level3 level4数据

1、使用firehose_get   下载level3 level4数据

https://confluence.broadinstitute.org/display/GDAC/Download

example:

  • firehose_get analyses latest
    Retrieves: every result, for every disease cohort, in the latest GDAC Firehose run
  • firehose_get -tasks mutsig gistic  analyses latest brca ucec
    Retrieves: only Gistic and MutSig results for breast and uterine cancer

  • firehose_get -tasks mut analyses latest prad
    Retrieves: all results which have "mut" in their name, such as MutSig, Mutation_Assessor, and any correlations to mutation data

2、R包

https://github.com/mariodeng/FirebrowseR

devtools::install_github("mariodeng/FirebrowseR")

3、GDC网站

比较麻烦

4、cbioportal

一般我只看网页版

5、其他等等

先学学firehose

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按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他