mysql文件ibdata1增长过大,导致服务器无法写的问题

背景

由云上的一个服务返回异常触发的,由于最近服务代码未有改动,之前运行正常,所以首先到服务所在的服务器检查服务的状态:

[root@manager-01 ~]# systemctl status 
Jul 27 17:51:09 manager-01 node[14705]: { Error: ENOSPC: no space left on device, write errno: -28, code: 'ENOSPC', syscall: 'write' }
Jul 27 17:51:11 manager-01 node[14705]: { Error: ENOSPC: no space left on device, write errno: -28, code: 'ENOSPC', syscall: 'write' }
Jul 27 17:51:21 manager-01 node[14705]: { Error: ENOSPC: no space left on device, write errno: -28, code: 'ENOSPC', syscall: 'write' }

可以发现报错信息很明确:空间不足,无法写入
备注:OS版本是:CentOS 7

定位

首先查看下当前服务器空间使用情况:

[root@manager-01 ~]# df -h
Filesystem             Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda1               40G   38G     0 100% /
devtmpfs               1.9G     0  1.9G   0% /dev
tmpfs                  1.9G     0  1.9G   0% /dev/shm
tmpfs                  1.9G  384K  1.9G   1% /run
tmpfs                  1.9G     0  1.9G   0% /sys/fs/cgroup
/dev/mapper/vg00-data  100G   33M  100G   1% /data
tmpfs                  380M     0  380M   0% /run/user/1000

发现根目录/已经没有可用空间了
查看下是哪些目录空间用的最多,逐步排查:

[root@manager-01 /]# sudo du -s -h /* | sort -nr
798M    /home
384K    /run
372M    /app
143M    /boot
59M     /etc
40K     /tmp
35G     /var
26M     /root
16K     /lost+found
4.0K    /srv
4.0K    /opt
4.0K    /mnt
4.0K    /media
1.7G    /usr
......

可以发现/var目录使用了35G,占了87.5%的空间,按照上述方法逐步排查,最终发现:

[root@manager-01 mysql]# du -s -h ./* | sort -nr
1004K   ./mysql
212K    ./performance_schema
92K     ./Alerts_DB
28G     ./ibdata1
16K     ./aria_log.00000001
5.0M    ./ib_logfile1
5.0M    ./ib_logfile0
4.0K    ./test
4.0K    ./aria_log_control
0       ./mysql.sock

在/var/lib/mysql目录下发现一个超大文件ibdata1,一个文件28G
百度下这个文件是何许内容:ibdata1文件是InnoDB存储引擎的共享表空间文件
该文件中主要存储着下面这些数据:

  • data dictionary
  • double write buffer
  • insert buffer/change buffer
  • rollback segments
  • undo space
  • Foreign key constraint system tables

参考链接:
https://mp.weixin.qq.com/s/KD2qLrmWY80yFxUtxJVNMA

解决方案

既然定位出是mysql的共享表空间文件增大导致的系统空间被耗完,那么就寻找解决方案吧,摸索过程都是百度各种解决方案,然后再虚机模拟操作,这里直接给出解决方法:

1、修改共享表空间为各表独立空间

这个方案网上有许多案例,这里给出自己的操作过程,供参考
数据库版本:

[t3mgr@manager-01 ~]$ mysql --version
mysql  Ver 15.1 Distrib 5.5.65-MariaDB, for Linux (x86_64) using readline 5.1

我这里用的是mariadb 5.5.65版本

  • 停止自己的业务,防止过程中有数据操作(我这是服务基本不可用了,所以没有影响,此处操作请根据自己实际情况判断)
systemctl stop 
  • 备份数据库(全库)
[root@manager /]# mysqldump -uroot -p --all-databases --add-drop-table > /data/db_backup.sql

为参数,实际操作请输入对应的密码
/data/db_backup.sql为备份的文件名,根据实际情况找个足够大的空间放置(大于原有mysql目录占用的空间肯定就足够了)
如果备份内容较大,可能会花费一定时间,要耐心等待...

  • 修改mysql(mariadb)配置

配置文件一般为/etc/my.cnf
在[mysqld]下增加下面配置
innodb_file_per_table=1

  • 验证修改是否生效

先将mysql(mariadb)启动

[root@manager /]# systemctl restart mariadb

然后进入mysql视图执行查看变量的命令:show variables like '%per_table%';

#mysql -uroot -p
mysql> show variables like '%per_table%';
+-----------------------+-------+
| Variable_name         | Value |
+-----------------------+-------+
| innodb_file_per_table | ON    |
+-----------------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)

如果对应的值为ON,则表示修改成功。

  • 删除原来的数据库文件

在/var/lib/mysql目录下执行如下命令

[root@manager-01 mysql]# rm -rf ibdata1
[root@manager-01 mysql]# rm -rf ib_logfile*
[root@manager-01 mysql]# rm -rf 

为自己的数据库名称

  • 还原数据库
[root@daik-manager /]# mysql -uroot -p < /data/db_backup.sql

数据库较大时,这个步骤也会耗时,请等待...
经过以上几步后,可以看到新的ibdata1文件就只有几十M了,数据及索引都变成了针对单个表的小ibd文件了,它们在相应数据库的文件夹下面

尴尬的是,操作了这么半天,再查看下空间情况,腾挪出了3G空间,还是杯水车薪啊,没办法,继续想辙

2、将数据库挪到其他位置

这个方法主要是将mysql挪到别的有空间的目录,可以根据自己的实际情况,看哪个目录的挂载空间够大,就挪到哪去,这主要还是由于服务部署太随意,没有将mysql规划好,导致空间不足。

  • 停止服务,同上
  • 停止数据库,将mysql目录整体搬迁
[root@manager-01 mysql]#mv /var/lib/mysql  /data

或者用如下方法迁移

rsync -avz   /var/lib/mysql /data/  

rsync 免除迁移目标目录的目录属主及权限等操作

  • 修改配置文件/etc/my.cnf
[mysqld]
innodb_file_per_table=1
#datadir=/var/lib/mysql
#socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
datadir=/data/mysql
socket=/data/mysql/mysql.sock
  • 创建软连接
[root@manager-01 mysql]#ln -s /data/mysql  /var/lib/mysql 
  • 给目录赋予权限
[root@manager-01 mysql]#chown -R mysql.mysql /home/mysql/

数据库搬迁后,如果用户组和用户名都是mysql,则不用执行此步骤也可以。

  • 重启数据库
[root@manager-01 mysql]#systemctl restart mariadb

至此,才将数据库成功搬迁位置,给系统目录腾出空间:

[root@manager-01 ~]# df -h
Filesystem             Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda1               40G  8.9G   29G  24% /
devtmpfs               1.9G     0  1.9G   0% /dev
tmpfs                  1.9G     0  1.9G   0% /dev/shm
tmpfs                  1.9G  384K  1.9G   1% /run
tmpfs                  1.9G     0  1.9G   0% /sys/fs/cgroup
/dev/mapper/vg00-data  100G   42G   59G  42% /data
tmpfs                  380M     0  380M   0% /run/user/1000

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