九月十五日，刘裕率水陆诸军四万余人兵发建康，参军王镇恶请给百船为前驱。二十九日，军至姑孰，刘裕任王镇恶为振武将军，与龙骧将军蒯恩率百船先发。行前，刘裕戒之道："若贼可击，击之；不可者，烧其船舰，留屯水际以待我大军至。"王镇恶诺了一声，于是率军昼夜兼行，于路扬言刘兖州（刘藩）率军西行赴任。
冬，十月二十二日，王镇恶军至豫章口（江陵东南夏水口），离江陵城二十里，舍船上岸。蒯恩军居前，王镇恶次之。每船留一二人，船所泊岸上立六七旗，旗下置鼓，王镇恶对所留军士道："计我将至城时，便擂鼓助威，仿佛后有大军情状。"又分遣人去烧毁江边其余停泊船舰，绝敌后路。
王镇恶径直往前奔袭城池，叮嘱前锋军士道："于路但有问询者，只云刘兖州军至。"
故此刘毅江边守卫及民间百姓听到王镇恶军如此对答，皆安然不疑。至城五、六里处，正逢刘毅干将朱显之听闻刘藩军到，欲出江边，前来迎接，看到王镇恶队伍，便问道："此为刘兖州军乎？"
军士答道："正是。"
朱显之有些疑惑，又问：“然则刘兖州何在？”
军士又答：“在军后。”
朱显之快马驰至军后，不见刘藩人影，只见王镇恶军人行色匆匆，手持攻守战具，快步冲向城池，再远望江边燃起熊熊大火，船舰被烧，耳边又听得鼓声阵阵，朱显之大叫一声：“不好。”知非刘藩军至，乃是有人偷袭江陵，便跃马驰去报告刘毅，刚一入城，便命令守城军士赶紧关闭城门。
王镇恶望见朱显之驰去，知事情败露，忙挥军急进，城门未及下关落锁，王镇军已入城。
朱显之急入府告变，气喘吁吁地对刘毅道：“刘卫军，大事不好，城外有大军至，似从下游建康而来，现已至城下，江津船舰悉被火烧矣。请刘公速遣军抵挡。”
刘毅有些半信半疑，道：“何人敢如此大胆，偷袭荆州？德舆若遣大军前来，因何京师无半点消息。”
朱显之道：“事不宜迟，请将军速发兵。”
刘毅遂命朱显之领军八队，带甲千余，前去迎敌。
王镇恶从外城东门入城，便率军直击内城西门，又分军攻内城南门，蒯恩入东门后，便向北回击射堂，再转攻内城东门。
王镇恶入城后，便乘风放火，点燃外城南门及东门，城内大乱，朱显之顾此失彼，自晨至午，手下逃散及归降略尽，不得以逃回内城。
卫军长史谢纯因有事禀告刘毅，完毕出来后，闻有敌兵至，左右欲驾车归家。谢纯呵斥道："我为人佐吏，临难安能逃之！"遂驰还入府。刘毅见他归来，眼含热泪，执其手道：“危难之时，方能识人。”
谢纯，谢安兄谢据之孙，谢混族弟，谢晦族叔。
刘毅命人退保内城，亲兵旧将，犹有六队千余人，荆州府兵及能吏快手，亦有二千余人，与王镇恶军相当，一时双方相持不下。
王镇恶在城下大喊道：“城上军兵听真，我乃太尉刘公属下振武将军王镇恶。刘毅与其弟兖州刺史刘藩，尚书仆射谢混内外勾结，欲行不轨，刘藩与谢混已然伏法，目下太尉正亲率大军前来江陵讨伐，尔等速放下兵刃，赦其无罪，有生擒或斩刘毅者，重重封赏。”说罢，他将朝廷诏书及赦文并刘裕手书凡三函绑在箭杆之上，一一射上城去。
刘毅军士拾得箭书，呈给刘毅，刘毅道：“我乃京口首义功臣，又有平定桓玄大功，并无过错，朝廷岂可治我罪也？定是其人妖言惑众。待我上书朝廷，自有公论。”说罢，将书函烧毁，并不观看。周围军士心下稍安，乃不信王镇恶之言。刘毅与司马毛修之等督士卒力战。
王镇恶正在城下彷徨无计之时，有名王桓者，家住江陵，昔日为刘道规手下，曾力斩桓谦，刘道规死后，归刘裕所属，为刘裕所赏识，常在左右，此次回到江陵欲迎接家室入京，听闻刘裕派兵讨伐刘毅，于是率亲友十余人前来助战。
王桓熟悉城内情势，至傍晚间，于内城东门北三十步处，将城墙凿开一洞，王桓率众先入，王镇恶领兵自后继之，随者稍多，与刘毅军短兵相接。王镇恶军人与刘毅东来将士，皆是北府军士，或是父兄子弟，或是中表亲亲者，王镇恶令其军兵且斗且共语，刘毅军始知王镇恶话不假，此次真是刘裕亲自领兵前来平叛，自是刘毅军人情离散，不复有斗志。
入夜，刘毅军大部溃散，刘毅手下勇将赵蔡战死。刘毅左右亲兵数百犹据东西城楼死战不降。王镇恶担心暗夜中自相伤害，乃引军出城，将内城团团围住，开其南面，为围三阙一之计。
夜至三更，刘毅派人侦察情势，侦骑回报，南面兵少，刘毅哼了一声，道：“雕虫小技，安能欺我？”遂率亲军三百人开北门突围而出。
刘毅日常所乘良马在城外不得入，仓促间身边无马，刘毅便来到其子刘肃民处，向其取马，刘肃民道：“我止一骑，以备非常，父亲可再往他处去寻。”
朱显之在旁闻听，厉声喝道："外人来取你父命，而惜马不与，你今自走，欲往何处？"遂上前夺马给刘毅骑乘，刘毅看了儿子一眼，打马飞奔而去。
刘毅军刚出北城，便遇上王镇恶军，双方又是一场恶战，王镇恶身中五箭，手中所执长槊，亦断为两截。刘毅军左冲右突，不得出，便又回攻外城东门。东门为蒯恩军把守，军人狠斗一日，疲倦万分，不料刘毅军至，难以拦截，刘毅遂从外城东门出奔。
刘毅走后，毛修之对谢纯道："君但随我去，可保性命无忧。"谢纯道：“刘卫军待我不薄，忠臣义士不侍二主。况谢混被杀，我亦难逃牵连，多谢君之美意。”遂不从，从容坐于刺史正堂之上，乱兵杀入，当堂被杀。
刘毅逃出江陵，驰奔数十里，天色微明，从人尽散，来至一处树林，隐隐见前面有亭台楼阁之属，打马近前观瞧，竟是一处大寺院，上书牛牧佛寺。刘毅又饥又渴，下马上前拍打门扉，吱呀一声，门开处，一名寺僧探出头来四处张望，刘毅拱手施礼道：“小师父，我乃过路客商，遭逢劫匪，失却行囊，请求师父收留，暂避一时，待我联络亲友，必有重谢。”
当初，刘毅克复江陵，桓蔚投奔牛牧寺僧竺昌，出家人心生怜悯，将其藏匿，后桓蔚逃奔后秦。刘毅闻之，将竺昌杀死泄愤，以儆效尤。至是，寺僧将刘毅上下打量一番，将其拒之门外道："昔日亡师好心收容桓蔚，为刘卫军所杀，今小僧实不敢再容生人。"说完，咣当一声，把门紧闭。
刘毅闻言大窘，不禁仰天长叹道："作法自弊，一至于此！我尝笑商君，今我亦如此。"遂心灰意冷，了无生意，寻一颗大树，解下腰带，自缢而死。
天亮后，樵人发现后告官，王镇恶遣人来，取其尸体，斩首于市，其子侄如刘肃民不及逃者皆伏诛。刘毅兄刘模逃奔襄阳，鲁宗之不敢收留，将其斩首，送至江陵。
初，刘毅叔父刘镇之闲居京口，不应朝廷征召，常对刘毅及刘藩兄弟道："你辈才器，足以得志，但恐不久耳。我不就尔求财位，亦不同尔受罪累。"每见刘毅、刘藩前呼后拥来至府门，便厉声责骂。刘毅对其甚是敬畏，未至其宅数百步，便屏退甲士，与白衣数人进府探望。及刘毅被杀，刘裕为安抚人心，以示公允，表奏刘镇之为散骑常侍、光禄大夫，固辞不就。
十一月十三日，刘裕率大军赶至江陵，因王镇恶平刘毅功，赐其为汉寿子爵之位。
刘裕高坐于堂，令人将刘毅僚佐一一带上，他要亲审，军士首先押上郗僧施，郗僧施道：“我家世受国恩，累居显要，岂能谋反，定是奸人构陷，望太尉明察。”
刘裕并不搭话，只是捋捋胡须，兵士将郗僧施带下，不多时，便托着一个木盘上来，里面盛着一颗血淋淋的人头，正是郗僧施。众人皆惊。
军士又押上一人，正是刘毅司马毛修之，毛修之朝刘裕点点头道：“见过太尉。”说罢，便不再说话，昂首而立，神情自若。
刘裕思索半日，转头对王镇恶道：“此子若何？”
王镇恶恨恨道：“凶悍异常，杀伤我军甚众。”众人以为毛修之必然不免。孰料刘裕哈哈大笑，道：“敬文（毛修之字）至情至性，杀戮甚重，为将者，当戒之。”说罢，挥一挥手，令人解缚。
军士立即上前给毛修之松绑，毛修之深施一礼，道：“多谢太尉。”
刘裕如此这般审完刘毅僚佐，大部赦免，择其能者而用之，他见原刘毅刺史府咨议参军申永精明能干，便问其道："今日荆州，当如何施政，可安士民？"
申永躬身答道："除其宿畔，倍其惠泽，贯叙门次，显擢才能，如此而已。"
刘裕深然之，道：“刘毅可谓得人。”
申永道：“我为国家之臣，非私人之用也。”
刘裕更加赞叹不已，遂下书宽租省调，节役宽刑，礼贤下士，荆人悦之。
刘裕在江陵，安顿后事，恐后来者据荆州起事，以洞庭湖为界，将荆南十郡分出，置湘州，自此有湖南湖北两省之分。选将调兵，布置伐蜀，此节容后细表。