ROMS模式RNT工具包的应用(弃用)
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安装SNCTOOLS，是以前版本的matlab用的netcdf包
javaaddpath([pwd '/netcdfAll-4.3.jar']); javaaddpath ([pwd '/mexcdf/snctools/classes']); addpath ([pwd '/mexcdf/mexnc']); addpath ([pwd '/mexcdf/snctools']);RNT包中构建了netcdf结构体，简化了matlab读写编程，程序需要调用mexnc库。
运行注意更改mexcdf、mexnc等函数的matlab版本判断，经实验在2018b中可以正常运行
netcdf 函数调用路径由错误追踪如下Error in mexnc_tmw (line 124) [varargout{:}] = handler ( varargin{:} ); Error in mexnc (line 552) [varargout{:}] = backend(varargin{:}); Error in mexcdf53 (line 9) [varargout{:}] = feval('mexnc', varargin{:}); Error in ncmex (line 112) [varargout{:}] = feval(fcn, varargin{:}); Error in ncatt (line 123) status = ncmex('attput', theNCid, theVarid, ... Error in netcdf/subsasgn (line 121) result = ncatt(theAttname, ncclass(other), other, self);目前碰到的问题是netcdf结构对象用来读取数据正常，但是写文件无法写到文件中去，正在排查原因
目前排查mexnc函数可以正常写入维数信息
/public4/home/pgv3234/roms/matlab/SNCTOOLS/mexcdf/mexnc/mexnc.m
经过一天的排查，原因在于在netcdf结构体中，源代码中为了便于排查错误，在写入数据时，采用了Tempname，先赋值一个任意名字，后面再用rename操作改名字，但是名字采用了"--------"，新的matlab函数不支持这种特殊符号，所以没有写入数据
netcdf函数中普遍采用status来处理错误，status=-1表示出错，但是并不会有报错信息，所以排查bug时要注意搜寻代码的语句 grep -n 'Tempname' `find ./ -name '*.m'` 将找到的地方替换 %theTempname( : ) = '-'; theTempname( : ) = 'a';另外还有待解决的问题，删除维数时有时出错，导致整个netcdf变成了空文件;
netcdf子结构体报错，报错信息如下：
对于全局属性，问题如下：
>> nc.glbatt(:)
glbtst
>> nc.glbatt(:)=[]
Brace indexing is not supported for variables of this type.
Error in ncatt/subsasgn (line 67)
if isempty(other) & length(theSubs) == 1 & strcmp(theSubs{1}, ':')
Error in netcdf/subsasgn (line 129)
result = subsasgn(att(self, theAttname), s, other);
>> g=nc.glbatt
g =
NetCDF_Attribute: 'glbatt'
itsType: 'char'
itsLength: 6
itIsUnsigned: 0
>> g(:)=[]
Brace indexing is not supported for variables of this type.
Error in ncatt/subsasgn (line 67)
if isempty(other) & length(theSubs) == 1 & strcmp(theSubs{1}, ':')
>> g(:)
Undefined function or variable 'theResult'.
Error in ncatt/subsref (line 81)
disp(theResult)
对于变量属性，问题如下
> v1=nc{'var1'}
v1 =
NetCDF_Variable: 'var1'
itsType: 'double'
itsDimensions: 'x, y'
itsLengths: [6 7]
itsOrientation: [1 2]
itsVars: {}
itsSrcsubs: {}
itsDstsubs: {}
nAttributes: 2
itIsAutoscaling: 0
itIsAutoNaNing: 0
itIsUnsigned: 0
itIsQuick: 0
>> v1.type
NetCDF_Attribute: 'type'
itsType: 'char'
itsLength: 4
itIsUnsigned: 0
>> v1.type(:)
test
>> a=v1.type
a =
NetCDF_Attribute: 'type'
itsType: 'char'
itsLength: 4
itIsUnsigned: 0
>> a(:)=[]
Brace indexing is not supported for variables of this type.
Error in ncatt/subsasgn (line 67)
if isempty(other) & length(theSubs) == 1 & strcmp(theSubs{1}, ':')
>> a(:)
Undefined function or variable 'theResult'.
Error in ncatt/subsref (line 81)
disp(theResult)
>> a
a =
NetCDF_Attribute: 'type'
itsType: 'char'
itsLength: 4
itIsUnsigned: 0
>> v1.type(:)
test
对于删除属性时出错，解决方法，问题可能在于新版matlab和老版在cell格式上的不同
s = theStruct;
theType = s(1).type;
theSubs = s(1).subs;
s(1) = [];
**%commented out by hzw
%if isa(theSubs, 'cell'), theSubs = theSubs{1}; end
%end**
switch theType
case '()'
if isempty(other) & length(theSubs) == 1 & strcmp(theSubs{1}, ':')
result = delete(self); % Delete.
if nargout > 0
theResult = result;
else
disp(result)
end
return
end
otherwise
end
返回变量属性对象时的错误，目前排查原因在于
RNT_MAIN/matlib/netcdf/@ncatt/subsref.m函数中datatype出错
ncmex（‘typelen’,datatype）返回-1
RNT_MAIN/matlib/netcdf/@ncvar/datatype.m函数
发现输入’char’的函数，输出没变，本来应该是对应的数字
/public4/home/pgv3234/roms/matlab/SNCTOOLS/mexcdf/mexnc/tests/test_typelen.m
留待以后解决。
其他问题测试
（1）全局属性删除正常
（2）变量写入更改正常
（3）变量删除语句无效果
（4）属性对象直接写会报错，赋予另一个变量正常，如下所示
a =
NetCDF_Attribute: 'type'
itsType: 'char'
itsLength: 4
itIsUnsigned: 0
>> a(:)
Undefined function or variable 'theResult'.
Error in ncatt/subsref (line 81)
disp(theResult)
>> b=a(:)
b =
'test'
（5）变量属性删除正常，如a=object，a(:)=[]正常
小心使用此库，问题以后慢慢改
2. RNT工具包中有采用matlab调用Fortran的mex程序，在使用mex库时碰到了新的问题，在于代码中采用的函数比较老（报错信息中说的是obsolete），已编译好的程序，与matlab2018b不兼容，所以要重新编译。
接下来需要安装g95编译器，配套安装gcc
下载和安装说明如下http://g95.sourceforge.net/src.shtml
重新用matlab编译报错的fortran程序，mex *.f90
Function "MXCREATEFULL" is obsolete.
If your MEX file or Simulink S-function calls this function, replace it with "MXCREATEDOUBLEMATRIX".
根据报错提示，找到错误的函数，将mxCreateFull替换为mxCreateDoubleMatrix
再用matlab编译，成功通过
另一种方式，安装较老版本的matlab，尝试matlab7，但是64位机器上，安装32位的老版本还是会有错误-_-||
使用matlab2012会碰到整型变量传给实型的warning，换用ifort和icc编译器后，没有再报错，更换编译器的方法为编辑/matlab2012/bin/mexopts.sh脚本，然后使用mex -setup命令，选择上述脚本，覆盖即可
目前情况，鉴于mex编译Fortran出错，有的matlab2018可以编译通过，2012却无法通过，程序可靠性不好，因此最终放弃使用此工具包。
但是mexcdf库，netcdf结构体在其他matlab包中有应用，目前小心使用中。