ROMS模式RNT工具包的应用(弃用)

1. 安装SNCTOOLS，是以前版本的matlab用的netcdf包

   javaaddpath([pwd '/netcdfAll-4.3.jar']);
   javaaddpath ([pwd '/mexcdf/snctools/classes']);
   addpath ([pwd '/mexcdf/mexnc']);
   addpath ([pwd '/mexcdf/snctools']);
   

   RNT包中构建了netcdf结构体，简化了matlab读写编程，程序需要调用mexnc库。
   运行注意更改mexcdf、mexnc等函数的matlab版本判断，经实验在2018b中可以正常运行
   netcdf 函数调用路径由错误追踪如下

     Error in mexnc_tmw (line 124)
     [varargout{:}] = handler ( varargin{:} );
     
    Error in mexnc (line 552)
    	[varargout{:}] = backend(varargin{:});
    
    Error in mexcdf53 (line 9)
    	[varargout{:}] = feval('mexnc', varargin{:});
    
    Error in ncmex (line 112)
       [varargout{:}] = feval(fcn, varargin{:});
    
    Error in ncatt (line 123)
          status = ncmex('attput', theNCid, theVarid, ...
    
    Error in netcdf/subsasgn (line 121)
             result = ncatt(theAttname, ncclass(other), other, self);
   

   目前碰到的问题是netcdf结构对象用来读取数据正常，但是写文件无法写到文件中去，正在排查原因
   目前排查mexnc函数可以正常写入维数信息
   /public4/home/pgv3234/roms/matlab/SNCTOOLS/mexcdf/mexnc/mexnc.m
   经过一天的排查，原因在于在netcdf结构体中，源代码中为了便于排查错误，在写入数据时，采用了Tempname，先赋值一个任意名字，后面再用rename操作改名字，但是名字采用了"--------"，新的matlab函数不支持这种特殊符号，所以没有写入数据
   netcdf函数中普遍采用status来处理错误，status=-1表示出错，但是并不会有报错信息，所以排查bug时要注意

   搜寻代码的语句
   grep -n 'Tempname' `find ./ -name '*.m'`
   将找到的地方替换
   %theTempname( : ) = '-';
    theTempname( : ) = 'a';
   

   另外还有待解决的问题，删除维数时有时出错，导致整个netcdf变成了空文件;
   netcdf子结构体报错，报错信息如下：

对于全局属性，问题如下：
>> nc.glbatt(:)
glbtst

>> nc.glbatt(:)=[]
Brace indexing is not supported for variables of this type.

Error in ncatt/subsasgn (line 67)
  if isempty(other) & length(theSubs) == 1 & strcmp(theSubs{1}, ':')

Error in netcdf/subsasgn (line 129)
     result = subsasgn(att(self, theAttname), s, other);

>> g=nc.glbatt

g =

   NetCDF_Attribute: 'glbatt'
            itsType: 'char'
          itsLength: 6
       itIsUnsigned: 0

>> g(:)=[]
Brace indexing is not supported for variables of this type.

Error in ncatt/subsasgn (line 67)
  if isempty(other) & length(theSubs) == 1 & strcmp(theSubs{1}, ':')

>> g(:)
Undefined function or variable 'theResult'.

Error in ncatt/subsref (line 81)
  disp(theResult)


对于变量属性，问题如下
> v1=nc{'var1'}

v1 =

   NetCDF_Variable: 'var1'
           itsType: 'double'
     itsDimensions: 'x, y'
        itsLengths: [6 7]
    itsOrientation: [1 2]
           itsVars: {}
        itsSrcsubs: {}
        itsDstsubs: {}
       nAttributes: 2
   itIsAutoscaling: 0
    itIsAutoNaNing: 0
      itIsUnsigned: 0
         itIsQuick: 0

>> v1.type
   NetCDF_Attribute: 'type'
            itsType: 'char'
          itsLength: 4
       itIsUnsigned: 0

>> v1.type(:)
test
>> a=v1.type 

a =

   NetCDF_Attribute: 'type'
            itsType: 'char'
          itsLength: 4
       itIsUnsigned: 0

>> a(:)=[]
Brace indexing is not supported for variables of this type.

Error in ncatt/subsasgn (line 67)
  if isempty(other) & length(theSubs) == 1 & strcmp(theSubs{1}, ':')

>> a(:)   
Undefined function or variable 'theResult'.

Error in ncatt/subsref (line 81)
  disp(theResult)

>> a

a =

   NetCDF_Attribute: 'type'
            itsType: 'char'
          itsLength: 4
       itIsUnsigned: 0

>> v1.type(:)
test

对于删除属性时出错，解决方法，问题可能在于新版matlab和老版在cell格式上的不同

s = theStruct;
theType = s(1).type;
theSubs = s(1).subs;
s(1) = [];
**%commented out by hzw
%if isa(theSubs, 'cell'), theSubs = theSubs{1}; end
%end**
switch theType
case '()'
   if isempty(other) & length(theSubs) == 1 & strcmp(theSubs{1}, ':')
      result = delete(self);   % Delete.


      if nargout >  0
         theResult = result;
      else
         disp(result)
      end
      return
   end
otherwise
end

返回变量属性对象时的错误，目前排查原因在于
RNT_MAIN/matlib/netcdf/@ncatt/subsref.m函数中datatype出错
ncmex（‘typelen’,datatype）返回-1
RNT_MAIN/matlib/netcdf/@ncvar/datatype.m函数
发现输入’char’的函数，输出没变，本来应该是对应的数字
/public4/home/pgv3234/roms/matlab/SNCTOOLS/mexcdf/mexnc/tests/test_typelen.m
留待以后解决。

其他问题测试
（1）全局属性删除正常
（2）变量写入更改正常
（3）变量删除语句无效果
（4）属性对象直接写会报错，赋予另一个变量正常，如下所示

a =

  NetCDF_Attribute: 'type'
           itsType: 'char'
         itsLength: 4
      itIsUnsigned: 0

>> a(:)
Undefined function or variable 'theResult'.

Error in ncatt/subsref (line 81)
 disp(theResult)

>> b=a(:)

b =

  'test'

（5）变量属性删除正常，如a=object，a(:)=[]正常
小心使用此库，问题以后慢慢改
2. RNT工具包中有采用matlab调用Fortran的mex程序，在使用mex库时碰到了新的问题，在于代码中采用的函数比较老（报错信息中说的是obsolete），已编译好的程序，与matlab2018b不兼容，所以要重新编译。
接下来需要安装g95编译器，配套安装gcc
下载和安装说明如下http://g95.sourceforge.net/src.shtml
重新用matlab编译报错的fortran程序，mex *.f90

Function "MXCREATEFULL" is obsolete.
If your MEX file or Simulink S-function calls this function, replace it with "MXCREATEDOUBLEMATRIX".
根据报错提示，找到错误的函数，将mxCreateFull替换为mxCreateDoubleMatrix

再用matlab编译，成功通过
另一种方式，安装较老版本的matlab，尝试matlab7，但是64位机器上，安装32位的老版本还是会有错误-_-||
使用matlab2012会碰到整型变量传给实型的warning，换用ifort和icc编译器后，没有再报错，更换编译器的方法为编辑/matlab2012/bin/mexopts.sh脚本，然后使用mex -setup命令，选择上述脚本，覆盖即可

目前情况，鉴于mex编译Fortran出错，有的matlab2018可以编译通过，2012却无法通过，程序可靠性不好，因此最终放弃使用此工具包。

但是mexcdf库，netcdf结构体在其他matlab包中有应用，目前小心使用中。