Mac下使用Aspera Connect下载NCBI Sra 数据

Mac下使用Aspera Connect全速下载大型NCBI文件的方法

1，下载安装SRA Toolkit Documentation

SRA Toolkit 下载

2，下载安装Aspera Connect的dmg文件

Aspera Connect

3，建议使用prefetch命令下载

• prefetch, fastq-dump, vdb-dump的简介
• prefetch 命令的使用简介 https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetch

• ./prefetch -t ascp -a "/Users/melody/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources/ascp|/Users/melody/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file ~/Downloads/SraAccList.txt 

• 具体的command line命令如上，先cd进入安装时sra的安装路径 /ncbi/sra/bin ，使用上述命令之前把 /Users/melody/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources/ascp 和 /Users/melody/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh 改为你自己的电脑的路径。
• 后面的SraAccList.txt是由NCBI上面导出，导出方法，首先在SRA库里找到你要使用的数据，如下图两个数据，选择右上角的send to --- file 即可得到txt。