你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190201)

欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们！

本文“宏基因组”原创，更多文章点我跳转公众号阅读

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的科研成果和技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。

本公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前己分享500+篇原创文章，有35000+小伙伴在这里一起交流学习，感兴趣的赶快关注吧。

征稿、转载、合作

欢迎同行投稿分享对本领域科研有帮助的经验、技术和科研思路，多帮助别人，自己也更容易获得帮助。

诚邀广大同行分享成果文章解读，即有利于交流和宣传，又提高文章的影响和引用，宣传平台很重要。

人才是团队发展最关键因素，欢迎本领域科研院所和高校的团队在本平台免费发布招聘广告。

欢迎对本平台文章转载和进一步合作感兴趣的朋友联系我们。

后台回复“合作”，获取投稿、转载、合作相关事宜的详细说明。

• 宏基因组公众号征稿、招聘、转载、合作启事
• 最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募

文章分类导航目录

注：所有蓝字均为文章链接，点击阅读原文

精选文章推荐

10000+

• 宏基因组分析教程
• 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
• Nature综述：大佬手把手教你分析菌群数据
• Nature综述：微生物构成的氮循环网络
• Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少
• 再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！
• DNA提取也能发Nature？
• 学术论文图表基本规范大全
• Microbiome：中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建(张和平、魏泓、秦楠点评)
• 一片看懂肠道菌群在人体中的作用
• 岛国科普—生命大跃进
• 人体上的生命：看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来
• 3分和30分文章差距在哪里？
• 28个实用绘图包，总有几个适合你

5000+

• 你想要的生信知识全在这—生信宝典
• NB：实验vs分析，谁对结果影响大
• NC：16S序列预测培养基配方
• Cell：人与肠道菌群休戚与共的一生
• 35张图，看懂肠道和大脑的魔性关系
• 深度好文—我们的未来在哪里？
• 宏基因组领域杂志简介及最新影响因子
• 学术图表的基本配色方法
• 手把手带你重现菌群封面文章图表
• 79个超强微生物知识助你孕育超优宝宝
• 漫谈16S的前世今生
• 16S+功能预测发Sciences：尸体降解过程
• Nature：宏基因组关联分析
• Nature: 宏基因组关联分析-深入研究微生物组
• Nature：肠道菌群如何划分肠型
• 一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr
• Co-occurrence网络图在R中的实现

3000+

• 一文读懂宏基因组分析套路
• 简单漂亮的在线生信绘图工具
• 一文读懂微生物组
• 生信9天速成班—成为团队不可或缺的人
• 进化树 一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化 iTOL进阶
• 自学生信-biostar handbook

培训、会议、招聘

• 2月22-24日，北京，转录组专题分析(含单细胞)
• 3月22-24日，北京，宏基因组分析培训
• 4月12-14日，北京，扩增子分析和功能预测
• 生物信息3天速成班—成为团队不可或缺的人
• 电子科大邹权组招聘博后、科研助理和访问学生（生物信息学方向）
• 中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
• 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
• 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
• 中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化
• 德国马普育种所植物与微生物互作方向招收3名博士1名博后
• 南方科技大学环境学院夏雨教授诚聘博士后一名（环境微生物方向）
• 16S扩增子绝对定量测序检测新模式创双赢！

科研经验

• AI学习三步曲 1基础入门和基本图形绘制 2模式图 3排版
• 如何优雅的提问
• 公众号搜索方法大全
• 如何第一时间了解研究领域最新动态?
• 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
• 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
• 生信编程模板 Perl Shell R
• 生物信息之程序学习
• 论文Figures，你不能不知道的秘密
• 图表色彩运用原理的全面解析
• 原始数据极速上传NCBI SRA教程
• Endnote X8云同步：有网随时读文献
• Excel绘图新高度-EasyCharts
• 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
• Windows10远程桌面Ubuntu
• R，Git和Github代码备份和版本管理 上 下
• 2018谷歌学术指数——综合、生物、生信、微生物领域高引文章和杂志
• Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及
• 适合做生物信息的笔记本推荐
• 求求你使用Tab键好吗

软件和数据库

• Graphpad经典绘图工具初学
• GraphPad Prism —— 简单又好用的生物数据统计绘图软件
• BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式
• Gephi轻松绘制超美网络图
• 在线浏览器，在线PS，在线AI，在线编程
• 微生物组间差异分析神器-STAMP简明教程 中文帮助文档
• 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
• Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
• Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图
• FUNGuild：真菌功能注释
• 在线RaxML构建系统发育树
• MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
• Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
• psRobot：植物小RNA分析系统
• RepeatMasker：基因组重复序列注释
• 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka

软件基础必学系列

• Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网
• Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼
• 数据的质量控制软件——fastQC
• 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp

资料下载专区

• SCI-HUB客户端（文献神器V4.0）——下载文献如此简单
• 微生物学（全美经典学习指导系列）中文版
• 255套绝美ppt模板！适用于总结汇报、形象宣传、授课培训、项目介绍、毕业答辩等
• 生化医学文章模式图素材
• 中文版美国国家综合癌症网络NCCN指南PPT

扩增子分析

史上最完整扩增子教程

• 扩增子图表解读-理解文章思路
• 扩增子分析流程-把握分析细节
• 扩增子统计绘图-冲击高分文章
• QIIME2中文教程(2017.6)-把握分析趋势
• 16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
• 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归
• 9个模块＋40余款软件＋老司机辣评 | 16S信息分析流程软件和数据库合集
• Nature Method ：Rob Knight发布Striped UniFrac算法轻松分析微生物组大数据

QIIME 2最新教程中文(2018.11)

• QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程
• 1简介和安装Install
• 2插件工作流程概述Workflows
• 3老司机上路指南Experienced
• 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures
• 5粪菌移植分析练习FMT
• 6沙漠土壤分析Atacama soil
• 7差异丰度分析gneiss
• 8数据导入Importing
• 9数据导出Exporting
• 10元数据Metadata
• 11数据筛选Filtering
• 12训练特征分类器Training
• 13数据评估和质控Evaluating
• 14机器学习分类和回归预测Classifier
• 15进行纵向和成对样本比较Longitudinal
• 16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
• 17序列双端合并read-joining
• 18使用q2-vsearch聚类OTUs

易生信-扩增子教程

• 01-背景介绍
• 02-真菌引物选择

Webserver在线分析平台

• MicrobiomeAnalyst：可视化微生物组网页工具
• NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台
• NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库
• METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
• SILVAngs:16S/18S在线分析1 2

相关软件和数据库教程

• 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core
• 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档
• 微生物扩增子数据库大全
• SourceTracker—微生物来源分析

宏基因组分析

教程系列

• 宏基因组分析教程
• 1简介-定义、方法和数据库
• 2扩增子-微生物群落多样性
• 3PICRUSt功能预测
• 4宏基因组物种组成和分箱
• 5宏基因组功能数据库与通路
• 6宏转录组流程和功能
• 7挖掘微生物组生物标记
• 4500元的微生物组培训资料
• 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
• GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
• 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
• 一文读懂宏基因组binning
• 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下
• 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组
• Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架

有参分析

• MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
• Nature Method：HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
• HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
• 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

De novo

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
• 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
• 4基因注释Prokka
• 5基于Kmer比较数据集sourmash
• 6不比对快速估计基因丰度Salmon
• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
• 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
• 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
• 10绘制圈图-Circos安装与使用

功能注释数据库

• KEGG在线数据库使用攻略
• NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
• EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测

分箱专题

• Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署 实战和结果解读
• NBT：宏基因组"读云"建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
• DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组

统计分析及可视化

• Krona绘制物种或功能组成圈图
• microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram
• MMinte：预测微生物群体内代谢物互作
• Nature Method：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率

Linux与Shell

• 生信人值得拥有的编程模板-Shell
• 生信人值得拥有的编程模板-Perl
• 手把手教你生信分析平台搭建
• Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
• 开启win10内置Linux子程序
• Docker的基本使用-Ubuntu18.04

R统计绘图

R语言基础系列：

• 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出
• R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences
• 数据可视化基本套路总结
• 你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？
• 使用dplyr进行数据操作30例
• 交集intersect、并集union、找不同setdiff
• R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换
• 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
• 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
• 3数据筛选——提取对象的子集
• 4向量、矩阵的数学运算
• 5控制结构
• 6函数及作用域
• 7认识循环函数lapply和sapply
• 8分解数据框split和查看对象str
• 9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础系列：

• ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
• 1初识ggplot2绘制几何对象
• 2图层的使用—基础、加标签、注释
• 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
• 4语法基础
• 5通过图层构建图像
• 6标度、轴和图例
• 7定位-分面和坐标系
• 8主题设置、存储导出
• 9绘图需要的数据整理技术
• 创建属于自己的调色板

高级统计绘图：

• 28个实用绘图包，总有几个适合你
• 热图绘制
• R做线性回归
• 绘图相关系数矩阵corrplot
• 相关矩阵可视化ggcorrplot
• 绘制交互式图形recharts
• 交互式可视化CanvasXpress
• 聚类分析factoextra
• LDA分析、作图及添加置信-ggord
• 解决散点图样品标签重叠ggrepel
• 添加P值或显著性标记ggpubr
• Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
• 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
• 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
• 桑基图riverplot
• 微生物环境因子分析ggvegan
• 五彩进化树与热图更配ggtree
• 多元回归树分析mvpart
• 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
• 加权基因共表达网络分析WGCNA
• circlize包绘制circos-plot
• R语言搭建炫酷的线上博客系统

实验设计与技术

• 微生物组取样和DNA提取建议
• 微生物常见20种培养基配方
• 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
• 样品命名 注意事项 实例
• 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
• 海洋可培养微生物的鉴定与分类
• 怎么取粪便样品
• 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
• Microbiome: 室温存储样本方法比较
• Nat. Biotechnol.：高通量测序16S及18S rRNA全长
• 两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法
• MiBioGen联盟倡议：综合分析人类基因组与菌群关系研究
• Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响
• Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法
• Ecol. Lett. | 生态学实验设计中“梯度实验”和“重复实验”的抉择
• 生态统计学里的数据转化与标准化

基础知识

• 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
• Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
• 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性
• 16S测序，不知道OTU你就out了！
• 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
• 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
• 计量宏基因组学数据分析的方法及进展
• 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
• Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
• PCoA距离算法大全
• 读懂PCA和PCoA
• LEfSe分析，你真的懂了么
• 宏基因组基础知识梳理
• 功能基因多样性研究概述
• 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
• 环境因子关联分析—CCA还是RDA
• P值背后那些事儿
• 轻松看懂机器学习十大常用算法
• 一文读懂随机森林在微生态中的应用
• 你想知道的ROC曲线
• 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
• 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq
• 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用

一作解读

一作解读专栏，由论文第一，或共同第一作者，来亲自讲述文章结果和背后的故事。

• Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？
• Microbiome：中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建(张和平、魏泓、秦楠点评)
• Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康 孕期健康对孩子至关重要
• Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环
• BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
• PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
• SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
• SCLS：水稻微生物组时间序列分析
• 中国微生物组计划—农作物微生物组
• 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较
• Sciences：用膳食纤维"钓"出15株缓解糖尿病的细菌！
• EID-2017-宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用

文献精读

精读主要是指全文翻译，一字不落的阅读，通常字数过万

• Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄
• Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
• Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用
• NRM：人类微生物培养及培养组学culturomics
• NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态
• NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
• NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态
• NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
• NRM：多年冻土的微生物组
• Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下
• PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌
• NAR：MicrobiomeAnalyst微生物组分析师——统计、可视化和元分析微生物组数据的网页工具
• Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落
• 微生物组数据系统发育分析的方法
• Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
• Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存
• Cell Host综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会
• Cell子刊：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系
• 对菌群影响药效和毒性的全面总结
• ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸
• ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识
• FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪
• FM-2018-大熊猫的肠道菌群可能并没有特化出发酵纤维素的能力

综述泛读

• Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
• Nat Rev Microbiol：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
• Nature综述——真菌的多样性：真菌的高通量测序及鉴定
• Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
• Cell：代谢控制中的脑肠轴
• Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
• COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
• Ann. Rev.：植物微生物组—系统见解与展望
• Ann. Rev.：微生物组与人
• 微生物组学与植物病害微生物防治
• 组学重建真菌现有分类系统
• FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
• Nature Microbiology: 微生物数据的系统发育分析方法
• Protein&Cell|解析宿主基因组和微生物的复杂互作
• Microbiome|植物内部微生物的相互作用
• 微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性
• TPS：植物相关微生物群在传统草药中的作用
• Nature Microbiology：微生物与海洋全球变化
• Nat Rev Genet发表房刚组细菌表观组综述论文

高分文章套路解读

• NBT：根际微生物组抗番茄枯萎病 PPT思路梳理
• Nature：益生菌清除致病菌的机制 科普：原来益生菌是这么搞定致病菌的
• Nature: 高通量细菌分离培养鉴定
• Nature：肠道细菌能够调节果蝇运动行为
• Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
• Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
• Nature：环境vs基因，谁对肠道菌群影响更大？
• Nature：人类肠道微生物组的肠型
• Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
• Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
• Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
• Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
• Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
• Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
• Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
• Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
• Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响
• TM：宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学
• Nature综述：宏基因组时代的病毒分类
• Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能
• Nature-2018-抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染
• Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
• NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
• NM: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
• NC.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
• NC：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
• NM：植物根系分泌物影响菌群结构
• NM：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
• CHM:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
• GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
• Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
• Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
• Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
• Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
• Microbiome: 植物生态位和基因型对微生物的影响
• Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
• Microbiome：重新定义“卫生”概念
• Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
• Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
• Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
• Microbiome: 黄龙病破坏柑橘根部相关微生物菌群从根际到根面的富集过程
• Microbiome：在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究
• Nat. Med.:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
• NM: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
• Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
• Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
• Science：微生物群落的构建过程具有趋简性
• Gut-2018-菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解
• Gut-口腔微生物可以预测直肠癌
• Cell子刊：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解 看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪
• PNAS：水稻微生物组
• PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组
• PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
• PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读
• PNAS-2017-人工构建玉米极简微生物组
• PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿？
• ISME|宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
• PLOS Biology: 发现一种固氮玉米
• PBio-2018：如何设计可预测植物表型的微生物组
• npjsba-2018-用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎
• SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程
• 不同真菌物种注释数据库对群落组成的影响
• Cell Research丨潘涛/骆观正合作团队揭示肠道菌群调控宿主RNA甲基化和基因表达新机制
• PNAS | 菌群大战：“单打独斗之殇”与“分而治之之利”
• Cell重磅发布15万人体微生物基因组！超大规模宏基因组研究揭示数千计人体微生物新物种
• Ecology Letters：重金属的污染可导致铁载体生产菌的增加

科普视频-寓教于乐

• 一席-赵立平-大树细菌
• 肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络
• CCTV9让尸体说话-法医密档
• 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
• 走进科学：锄禾者新说
• NHK再造人类生命的神奇细胞
• NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用
• NHK生命大跃进
• BBC人体奥秘之细胞的暗战
• BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
• NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
• NGC子宫日记Womb
• 脱口秀《娶妻当娶女博士》续集《娶妻别娶女博士》北大生物女博士的自白，爆笑加泪点

科普图文

原创

• 原来益生菌是这么搞定致病菌的
• CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇
• 从几十人小药厂走出的惊天抗癌神药
• 漱口水增加糖尿病，高血压风险
• NEJM | 益生菌LGG治疗肠胃炎无效，Immunity|LGG促进生骨
• Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎
• 口腔菌群让你心口一致——牙疼和心脏病都会犯
• 一些你可能忽略的护牙小技巧

SME科学故事

• 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
• 当它们在吃屎时，它们在吃什么？——童子屎居然延年益寿
• 致命病毒为何疯狂袭击人类？
• 马铃薯晚疫病：引发百万人死亡和逃难
• 看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！
• 考拉：你以为我想呆萌？幼年吃屎长大磕毒，差点就没活下来
• 盘尾丝虫病——河盲症
• 结核菌——抗药性的严峻形式
• 粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
• 水痘痊愈就能终生免疫？其实病毒仍潜伏在神经
• 噬菌体的前世今生
• 乙肝疫苗的故事，居然有人体实验
• 他发现了疟疾的元凶，开创了致病生物研究新时代
• 谁来养活中国人？他用小麦增产千亿斤让中国成为粮食大国
• 感染这种随处可见的“食脑虫”，你可能必死无疑
• 机洗内裤容易得暗病？这个锅我们袜子不背！
• 西游记里河水让人怀孕的秘密：是寄生虫！
• 超级细菌事不关己？看完它才发现我们都在自己身体里养蛊
• 抠出来的鼻屎不要丢，隔壁家的小孩都馋哭了
• 谁说被吃是鸡的宿命？这只鸡长了个价值三个诺奖的肿瘤
• 3个月近30万上海人被感染，真相是潜伏已久的“吃祸”
• 大肠杆菌O157:H7——仅次于霍乱的致命腹泻，正跟着“吃草”潮流全球“开花”

态昌基因

• 皮肤共生菌可以促进伤口愈合
• 轻断食是一种科学的减肥方法吗？
• 脂肪肝，应该拿你怎么办

热心肠先生说

• 想更易怀孕，生更多娃？男人去打猎，女人靠蛔虫？！
• 吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！
• 减肥难？别急，精准调控细菌的方法已横空出世！
• 想知道自己能不能长命百岁？窝个粑粑测个菌？
• 饮食、生物钟、肠道菌群的“三角恋”

漫画科普

• 艾滋病交响诗
• 被传染艾滋
• 梅毒狂想曲
• 厌氧君和好氧君谁是明日之子

其它

• Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
• Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重
• 高山仰止 | “利他主义者”乔治·普莱斯的一生

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外2600+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点我阅读原文，跳转最新文章目录阅读