使用Python删除具有某些特征的几行数据

进行数据整理时所写的脚本,使用CD-HIT去冗余,设置阈值为100%,将有多条的簇留下来。

cd1.txt:

使用Python删除具有某些特征的几行数据_第1张图片
从上图中找出找出100%的簇,放到cd2.txt中

cd2.txt

使用Python删除具有某些特征的几行数据_第2张图片

with open('cd1.txt', 'r') as f:
    lines = f.readlines()#按行读取文件
with open('cd2.txt', 'w') as f_w:
    for i in range(len(lines)):
        if(lines[i][0] == '0' and lines[i+1][0]=='1'):#将有100%的簇写入到cd2.txt文件中
            f_w.write(lines[i - 1])
            print(i, "***", lines[i - 1])
            f_w.write(lines[i])
            print(i, "***", lines[i])
            f_w.write(lines[i + 1])
            print(i, "***", lines[i + 1])
            i = i + 2
            while(lines[i][0] != '>'):
                f_w.write(lines[i])
                print(i, "***", lines[i])
                i = i + 1
            continue
        else:
            i = i + 1

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