利用ITK-SNAP进行抠图操作并保存mask

问题描述:

想要去掉图像背景,只保留中心部分

目标:

1.利用ITK-SNAP制作二值化标签(即mask)
2.利用软件ITK-SNAP把一幅图像中自己想要的部分抠出来

步骤:

1.保存mask

打开ITK-SNAP ,这是一款可以方便进行勾画操作,制作标签的软件
1.点击勾画按钮

2.在图像中选点进行勾画

3.勾画完成后点击accept,可以看到所勾画的区域被标签颜色所覆盖

4.滚动鼠标滚轮到下一层(对于3D图像),继续勾画
tips:点击"paste last polygon"按钮使用上一层的勾画结果,拖动勾画框可以进行修改

5.勾画完成后按ctrl+S保存图像,此时所保存的即为二值化的mask(标签)
(背景部分是0,高亮区域是设定的label值,这里为1)

2.提取目标区域（抠图）

思想：将保存的二值化mask与原图像做点乘，就可以将去除无关背景，得到中心区域的目标图像
方法：（对于nii格式的图像）

import nibabel as nib
import numpy as np

index = list(['1','14','4','5','7','70','148'])#一共7张待处理图像
for i in range (len(index)):
	#图像位置
    nii_file = '/home/YinXiaolong/1909/MRBrainS18_data/training_corrected_selected/'+index[i]+'/data/reg_IR.nii.gz'
    nii_file2 = '/home/YinXiaolong/1910/mask_multiple/mask/' +'mask'+ index[i]+ '.nii.gz'
    #载入图像
    img = nib.load(nii_file).get_fdata()
    img2 = nib.load(nii_file2).get_fdata()
    #两幅图像相乘
    img3 = np.multiply(img,img2)
    #将矩阵转换为nii
    array_img = nib.Nifti1Image(img3,None)
    #保存并导出
    nib.save(array_img, 'reg_IR'+'_'+index[i]+'.nii')
    print('img'+index[i]+'Done')

对于一般格式图像利用numpy中的img = np.multiply(img1,img2)进行两幅图像的点乘即可。