ubuntu安装 fsl Ants itksnap

FSL:

方法1：py安装法
.py安装 官网下载下来 python xxx.py
但是奇慢无比，如果要给安装时间一个期限的话大概是一万年。而且很容易中间断掉

方法2：国内镜像法
网上很多的方法就是用国内镜像来安装，但不幸的是我ubuntu18和ubuntu16都有问题
https://blog.csdn.net/jiangjiang_jian/article/details/80698029

方法3：压缩包法
看这三个链接：三个结合着一起看
https://www.jianshu.com/p/4db8227cbb81
https://blog.csdn.net/clancy_wu/article/details/101468001
https://www.xuebuyuan.com/2184690.html
实名感谢这个博主的帖子：clancy_wu

如果出问题自己搜索下 别的教程

如果下载比较慢或者链接失效了 用这个盘
https://pan.baidu.com/s/1cCu8dp7hWXgMHSKTr-Yp0w
提取码：kxrv
真的不用谢

解压出问题：

解决Linux上解压报错gzip: stdin: not in gzip format
解压Nginx报错：tar -zxvf nginx.tar.gz

gzip: stdin: not in gzip format
tar: Child returned status 1
tar: 由于前面延迟的错误而退出

解决办法：
压缩文件被改动过，没有用gzip格式压缩，所以不用加z指令。
tar -xvf nginx.tar.gz 这样解压就可以了

Ants:

方法一： 安装antspy
https://blog.csdn.net/weixin_43718675/article/details/102606717
如果用python写代码 import ants之后很方便

方法二：gcc cmake 安装ANTS
先git下来 或者下载压缩包 然后进到ants文件夹里

mkdir antsbin
cd antsbin
ccmake ../ANTs （用了.tar文件的话可以ccmake ../ANTs-2.3.2)
 make -j 4(耐心等待)

生成bin文件夹的下一步

cp ANTs/Scripts/* ./bin/

设置环境变量并添加到vim ~/.bashrc文件中，即：

 export ANTSPATH=/home/username/antsbin/bin/ 
 export PATH="$ANTSPATH:$PATH"

使环境生效：source ~/.bashrc 一下

在antsbin底下没有生成bin的，在make -j4之后生成一个staging的文件夹，文件夹里面有一个bin 文件夹，可以将antsbin里面的ANTS-build里面的Examples的东西复制到bin中，然后把ANTS里面的scripts里面的文件都复制到这个antsbin里面的bin,你可以手动鼠标复制，也可以用指令cp ANTs/Scripts/* ./bin/ 都行无所谓的。。可以将bin 文件夹和lib文件夹从staging放在antsbin底下。最后

export ANTSPATH=/home/username/antsbin/bin/  //根据路径自己改
export PATH="$ANTSPATH:$PATH"

使环境生效：source ~/.bashrc 一下

https://zhuanlan.zhihu.com/p/117609588
https://blog.csdn.net/jiujiujijuu/article/details/104342652

ITKSnap

Ubuntu安装itksnap 非常简单愉快，
指令法：

sudo apt-get update
sudo apt-get install itksnap