转录组背景知识

RNA-seq 相关概念

RNA-Seq

具体来说，首先对生物样品中的RNA反转录为cDNA，而后，将这些cDNA打碎为较小片段后，上机进行测序

转录组(transcriptome)

是指特定类型细胞中全体转录本(transcript)的集合

RNA种类

RNA	explanation
coding RNA：mRNA	信使RNA
noncoding RNA：rRNA	核糖体RNA（ribosomalRNA）
noncoding RNA：tRNA	转移RNA（transferRNA）
noncoding RNA：snRNA	小核RNA(small nuclearRNA）
noncoding RNA：snoRNA	最早在核仁发现的小RNA，称作小核仁RNA
noncoding RNA：asRNA	反义antisense RNA 是一类能够与mRNA互补配对的单链RNA分子。细胞中引入反义RNA，可与mRNA发生互补配对，抑制mRNA的翻译
noncoding RNA：lincRNA	长链非编码RNA，长度大于200个核苷酸的一类非蛋白质编码转录物
noncoding RNA：miRNA	microRNA，长度小于50nt
noncoding RNA：siRNA	Small interfering RNA，25nt左右的双链RNA
noncoding RNA：piRNA	与Piwi蛋白相作用的RNA，长度小于50nt

可变剪切体(Alternative splicing isoform)

junction reads

在DNA转录成mRNA的过程中，内含子被切掉，外显子会在剪切位点连接到一起。对于这些跨过剪切位点的reads，称为junction reads。如果不把它们从中间断开，就无法准确贴到基因组上。 这些junction reads是确定剪切位点的直接证据，对于正确重构转录本结构至关重要

Read count

比对到gene A的reads数,（1）换算RPKM,FPKM等后续其他指标 （2）作为基因表达差异分析（DESeq，edgeR）的输入数据

RPKM

Reads Per Kilobase of exon model per Millon mapped reads

每百万条reads中每1000bp基因中reads的数量

$$RPKM=\frac{C}{LN}$$

C: 比对上的reads数（外显子，转录本）

L: 特征长度（1000bp）

N：比对上的总reads数（100万）

示意图：

RPKM:消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响 不适用：发生了可变剪切的RNA-seq数据

FPKM

F=Fragment，即测序片段的数量，比对上的一对reads为一个fragment

本质：以文库中的片段为计算单位，是在PE测序上对RPKM的矫正

FPKM表示：每一百万个map上的reads中map到外显子的每1k个碱基上的reads个数

$$FPKM=\frac{totalexonFragments}{mappedreads(Millions)\times exonlength(kb)}$$

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(RNA) [sunchengquan 10:50:34 ~]
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R                        /home/sunchengquan/local/app/miniconda3/envs/R
RNA                   *  /home/sunchengquan/local/app/miniconda3/envs/RNA

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