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• 岛国科普—生命大跃进
• 深度好文—我们的未来在哪里？

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• 16S预测微生物群落功能 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
• 一文读懂微生物组

培训、会议、招聘广告

• 7月14-22日，北京，微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦！
• 招募生物、医学、生信、计算机朋友加盟
• 最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募
• 中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
• 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
• 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
• 代谢组学/脂组学：短链脂肪酸分析服务
• 菌群采样神器，随时免费申领

科研经验

• 如何优雅的提问
• 公众号搜索方法大全
• 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
• 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical
• 生信编程模板 Perl Shell R
• 生物信息之程序学习
• 手把手教你生信分析平台搭建
• 论文Figures，你不能不知道的秘密
• 原始数据极速上传NCBI SRA教程
• Endnote X8云同步：有网随时读文献
• Excel绘图新高度—EasyCharts
• 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide

软件和数据库

• VSEARCH操作实战-免费使用无内存限制的USEARCH！
• SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
• METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
• 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
• Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
• 微生物组间差异分析神器-STAMP简明教程 中文帮助文档
• 扩增子分析神器USEARCH
• 微生物扩增子数据库大全
• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测
• 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
• Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
• FUNGuild：真菌功能注释
• 在线RaxML构建系统发育树
• KEGG在线数据库使用攻略
• 开启win10内置Linux子程序
• Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网

宏基因组分析

教程系列

• 宏基因组分析教程
• 4500元的微生物组培训资料
• 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

De novo
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用

R统计绘图

R语言基础系列：
- 你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础系列：
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出

高级统计绘图：
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA

鼠标点点绘图系列

-SCI期刊数据可视化—折线图

实验设计与技术

• 微生物组取样和DNA提取建议
• 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
• 样品命名 注意事项 实例
• 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
• 海洋可培养微生物的鉴定与分类
• 怎么取粪便样品
• 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
• Microbiome: 室温存储样本方法比较
• Nat. Biotechnol.：高通量测序16S及18S rRNA全长
• 两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法

基础知识

• 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
• Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
• 16S测序，不知道OTU你就out了！
• 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
• 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
• 计量宏基因组学数据分析的方法及进展
• 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
• 读懂PCA和PCoA
• LEfSe分析，你真的懂了么
• 宏基因组基础知识梳理
• 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
• 环境因子关联分析—CCA还是RDA
• P值背后那些事儿
• Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
• 轻松看懂机器学习十大常用算法
• 一文读懂随机森林在微生态中的应用
• 你想知道的ROC曲线
• 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson

必读综述

• Nature综述: 给医生的菌群分析指南上 下
• Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
• Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
• Nature：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
• Nature: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
• Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
• Cell：代谢控制中的脑肠轴
• Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
• Nat. Micro.: 研究微生物，只靠多组学根本不够
• COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
• 中国微生物组计划—农作物微生物组
• Ann. Rev.：植物微生物组—系统见解与展望
• Ann. Rev.：微生物组与人
• 微生物组学与植物病害微生物防治
• 组学重建真菌现有分类系统
• BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展

高分文章套路解读

• Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
• Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
• Nature：人类肠道微生物组的肠型
• Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章
• Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
• Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
• Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
• Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
• Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
• Nat. Biotechnol.: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
• Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
• Nat. Commun.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
• GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
• Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
• Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
• Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
• Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
• Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
• Microbiome：重新定义“卫生”概念
• Nat. Med.:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
• Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
• Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
• Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
• Gut: 妊娠期糖尿病与孕妇及其新生儿微生物菌群失调有关（赵方庆作品）

科普视频-寓教于乐

• BBC人体奥秘之细胞的暗战
• BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
• NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
• NGC子宫日记Womb
• NHK再造人类生命的神奇细胞
• CCTV9让尸体说话-法医密档
• 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
• 致命病毒为何疯狂袭击人类？
• 土豆上的小霉菌引发百万人死亡和逃难
• 看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！
• 考拉：你以为我想呆萌？幼年吃屎长大磕毒，差点就没活下来
• 漫画详解：厌氧君和好氧君，谁才是明日之子？
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• 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
• 盘尾丝虫病——河盲症
• 结核菌——抗药性的严峻形式
• 粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
• Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
• 水痘痊愈就能终生免疫？其实病毒仍潜伏在神经
• 想更易怀孕，生更多娃？男人去打猎，女人靠蛔虫？！
• 噬菌体的前世今生
• 乙肝疫苗的故事，居然有人体实验
• 他发现了疟疾的元凶，开创了致病生物研究新时代
• 吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外1500+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

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旧文删除

• Microbiome: 16S rRNA基因拷贝数应该被校正吗？
• 怎样写出一流的论文
• 综述 | 现在是蛋白质组学数据共享和再分析的黄金时间？

• 小学生都学Python了，你还不知道怎么开始

• 微生物组——扩增子分析专题培训开课啦！！！
• 3月10-19日，北京，微生物组——扩增子分析专题培训

• 2017年发展简史和十大热文盘点

• 3月24-31日，北京，如何入门生信Linux

• 中国农业大学周欣实验室招聘科研助理、技术员启事
• 中科院遗传发育所王秀杰组招聘博后、技术员
• 中科院遗传发育所田志喜组博士后招聘启事
• 生物信息9天速成班—成为团队不可或缺的人
• 2分钟视频回顾植物学家钟扬的贡献
• 转录组分析的正确姿势
• 整个世界都是你的已知条件
• 扩增子分析基础视频教程-夯实分析思路
• Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
• psRobot：植物小RNA分析系统
• RepeatMasker：基因组重复序列注释
• 一文读懂代谢组学
• 人体对微生物的管控
• 简单读懂微生物基因组的泛基因组学
• 微生物应用|农业废弃物资源化利用
• 宏基因组学入门1初识 2进一步 3拼接
• 肠道微生物与人类密切相关的方方面面
• Nature: 测序技术的前世今生
• Nature Reviews：全新的益生元定义和范围
• 原核转录组非编码RNA研究
• SR: 真菌培养组学同揭示人类肠道真菌群落结构
• NC：自体免疫水泡皮肤病中鉴定基因与微生物组互作
• ME：网络分析揭示微生物群落应对环境扰动的稳定性机制
• SR: 土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化
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• MetaPhlAn2分析有参宏基因组
• 4月14-22日，北京，表观调控高通量测序分析培训开课啦
• 5月12-20日，北京，二代三代转录组测序分析实战班
• 5月11-13日，北京，中国肠道大会
• 5月19-20日，北京，数学、计算机和生物青年学者论坛

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扩增子学习三步曲

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• 2分析流程-把握分析细节
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