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宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。

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精选文章推荐

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  • 一文读懂微生物组

培训、会议、招聘广告

  • 7月14-22日,北京,微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦!
  • 招募生物、医学、生信、计算机朋友加盟
  • 最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募
  • 中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
  • 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
  • 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
  • 代谢组学/脂组学:短链脂肪酸分析服务
  • 菌群采样神器,随时免费申领

科研经验

  • 如何优雅的提问
  • 公众号搜索方法大全
  • 科研团队成长三部曲:1云笔记 2云协作 3公众号
  • 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical
  • 生信编程模板 Perl Shell R
  • 生物信息之程序学习
  • 手把手教你生信分析平台搭建
  • 论文Figures,你不能不知道的秘密
  • 原始数据极速上传NCBI SRA教程
  • Endnote X8云同步:有网随时读文献
  • Excel绘图新高度—EasyCharts
  • 你和PPT高手之间,就只差一个iSlide

软件和数据库

  • VSEARCH操作实战-免费使用无内存限制的USEARCH!
  • SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
  • METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
  • 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
  • Windows轻松实现linux shell环境:gitforwindows
  • 微生物组间差异分析神器-STAMP简明教程 中文帮助文档
  • 扩增子分析神器USEARCH
  • 微生物扩增子数据库大全
  • antiSMASH:微生物次生代谢物基因簇预测
  • 微生物网络构建:MENA, LSA, SparCC和CoNet
  • Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
  • FUNGuild:真菌功能注释
  • 在线RaxML构建系统发育树
  • KEGG在线数据库使用攻略
  • 开启win10内置Linux子程序
  • Linux命令screen—终端切换,工作环境保存,画面同步,防断网

宏基因组分析

教程系列

  • 宏基因组分析教程
  • 4500元的微生物组培训资料
  • 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- HUMAnN2:人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

De novo
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用

R统计绘图

R语言基础系列:
- 你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗?
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- 1数据类型(向量、数组、矩阵、 列表和数据框)
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础系列:
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出

高级统计绘图:
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法:突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA

鼠标点点绘图系列

-SCI期刊数据可视化—折线图

实验设计与技术

  • 微生物组取样和DNA提取建议
  • 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复?
  • 样品命名 注意事项 实例
  • 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
  • 海洋可培养微生物的鉴定与分类
  • 怎么取粪便样品
  • 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
  • Microbiome: 室温存储样本方法比较
  • Nat. Biotechnol.:高通量测序16S及18S rRNA全长
  • 两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法

基础知识

  • 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
  • Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
  • 16S测序,不知道OTU你就out了!
  • 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
  • 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
  • 计量宏基因组学数据分析的方法及进展
  • 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
  • 读懂PCA和PCoA
  • LEfSe分析,你真的懂了么
  • 宏基因组基础知识梳理
  • 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
  • 环境因子关联分析—CCA还是RDA
  • P值背后那些事儿
  • Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
  • 轻松看懂机器学习十大常用算法
  • 一文读懂随机森林在微生态中的应用
  • 你想知道的ROC曲线
  • 相关分析:Spearman、Kendall和Pearson

必读综述

  • Nature综述: 给医生的菌群分析指南上 下
  • Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
  • Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
  • Nature:呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
  • Nature: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
  • Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
  • Cell:代谢控制中的脑肠轴
  • Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少?
  • Nat. Micro.: 研究微生物,只靠多组学根本不够
  • COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
  • 中国微生物组计划—农作物微生物组
  • Ann. Rev.:植物微生物组—系统见解与展望
  • Ann. Rev.:微生物组与人
  • 微生物组学与植物病害微生物防治
  • 组学重建真菌现有分类系统
  • BA:根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展

高分文章套路解读

  • Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
  • Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
  • Nature:人类肠道微生物组的肠型
  • Nature:如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章
  • Nature:肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
  • Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
  • Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
  • Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
  • Nat. Genet.:微生物如何适应植物的? 评论 正文
  • Nat. Biotechnol.: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
  • Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
  • Nat. Commun.:降低微生物群落复杂度突破组装难题
  • GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
  • Microbiome:微生物组研究中你必须注意的细节
  • Microbiome:HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
  • Microbiome:植物根际微生物组也有昼夜节律
  • Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
  • Microbiome:肠道菌群失衡促进高血压
  • Microbiome:重新定义“卫生”概念
  • Nat. Med.:菌群与疾病的关:先有鸡还是先有蛋?
  • Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌药物,居然也会抑制人体肠道菌群?
  • Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
  • Nature:乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
  • Gut: 妊娠期糖尿病与孕妇及其新生儿微生物菌群失调有关(赵方庆作品)

科普视频-寓教于乐

  • BBC人体奥秘之细胞的暗战
  • BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
  • NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
  • NGC子宫日记Womb
  • NHK再造人类生命的神奇细胞
  • CCTV9让尸体说话-法医密档
  • 一顿寄生虫大餐,或能治好干净引来的免疫病
  • 致命病毒为何疯狂袭击人类?
  • 土豆上的小霉菌引发百万人死亡和逃难
  • 看完这些能控制大脑的寄生虫,你会怀疑人类!
  • 考拉:你以为我想呆萌?幼年吃屎长大磕毒,差点就没活下来
  • 漫画详解:厌氧君和好氧君,谁才是明日之子?
  • 皮肤共生菌可以促进伤口愈合
  • 走进科学:枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
  • 盘尾丝虫病——河盲症
  • 结核菌——抗药性的严峻形式
  • 粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
  • Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
  • 水痘痊愈就能终生免疫?其实病毒仍潜伏在神经
  • 想更易怀孕,生更多娃?男人去打猎,女人靠蛔虫?!
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  • 乙肝疫苗的故事,居然有人体实验
  • 他发现了疟疾的元凶,开创了致病生物研究新时代
  • 吃寄生虫能治病?又来涨知识吧!

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外1500+科研人员加入。参与讨论,获得专业指导、问题解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。
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学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
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旧文删除

  • Microbiome: 16S rRNA基因拷贝数应该被校正吗?
  • 怎样写出一流的论文
  • 综述 | 现在是蛋白质组学数据共享和再分析的黄金时间?
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  • 微生物组——扩增子分析专题培训开课啦!!!
  • 3月10-19日,北京,微生物组——扩增子分析专题培训
  • 2017年发展简史和十大热文盘点

  • 3月24-31日,北京,如何入门生信Linux

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  • 中科院遗传发育所田志喜组博士后招聘启事
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  • 一文读懂代谢组学
  • 人体对微生物的管控
  • 简单读懂微生物基因组的泛基因组学
  • 微生物应用|农业废弃物资源化利用
  • 宏基因组学入门1初识 2进一步 3拼接
  • 肠道微生物与人类密切相关的方方面面
  • Nature: 测序技术的前世今生
  • Nature Reviews:全新的益生元定义和范围
  • 原核转录组非编码RNA研究
  • SR: 真菌培养组学同揭示人类肠道真菌群落结构
  • NC:自体免疫水泡皮肤病中鉴定基因与微生物组互作
  • ME:网络分析揭示微生物群落应对环境扰动的稳定性机制
  • SR: 土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化
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  • MetaPhlAn2分析有参宏基因组
  • 4月14-22日,北京,表观调控高通量测序分析培训开课啦
  • 5月12-20日,北京,二代三代转录组测序分析实战班
  • 5月11-13日,北京,中国肠道大会
  • 5月19-20日,北京,数学、计算机和生物青年学者论坛

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扩增子学习三步曲

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  • 2分析流程-把握分析细节
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