perl 和 shell随记

1、~ /^\"(.*)\"\s+\<(\d+)-?(\d*)\>\s*$/ perl模式匹配

^\"以”开头，(.*)任意个字符，\"匹配”，\s+匹配一个以上的空白符，\<匹配一个<,(\d+)匹配一个以上的数字，-？匹配连字符-零次或一次，（\d*）匹配0或零个以上的数字，\>匹配>,\s*$/以0至0个以上的空白符结尾

 

2、一般来说，while循环中使用或<>读取输入后(也包括open关键字打开文件再读取行的情况)，第一行就是去除行尾的换行符，所以大多数都采用如下通用格式：

while(<>){
    chomp;
    COMMANDS;
}
 
while(){
    chomp;
    COMMANDS;
}

 

3、chomp()

读取fasta文件,内容如下：

1 2 3 4 5 6

>1 ATGCTAGCTACGTACGTACGTTTTTTTTT >2 ACGATCGACGATCGTACGTACGTACGATT >3 ATGCATGCTATACATCAGCTAATATCGCT

#!/usr/bin/perl 
use warnings;
use strict;

my ($fasta) = @ARGV;

open FASTA, $fasta or die "Can't open $fasta";
local $/ = ">";
while () {
    s/\n//g;
    print qq{$_\n};
}
close $fasta;
$/ = "\n";

运行这段代码，输出结果如下：

1 2 3 4

> 1ATGCTAGCTACGTACGTACGTTTTTTTTT> 2ACGATCGACGATCGTACGTACGTACGATT> 3ATGCATGCTATACATCAGCTAATATCGCT

 

可以看出，$/的值出现在每行的最后；接下来使用chomp函数

#!/usr/bin/perl 
use warnings;
use strict;

my ($fasta) = @ARGV;

open FASTA, $fasta or die "Can't open $fasta";
local $/ = ">";
while () {
    chomp;
    s/\n//g;
    print qq{$_\n};
}
close $fasta;
$/ = "\n";

输出结果为:

1 2 3

1ATGCTAGCTACGTACGTACGTTTTTTTTT 2ACGATCGACGATCGTACGTACGTACGATT 3ATGCATGCTATACATCAGCTAATATCGCT

第一行因为是空行，这里没显示出来；可以看到每行末尾的>符号被去除了，所以chomp的真正作用是去除字符串末尾的$/，只是因为默认情况下，$/为\n,造成chomp就是去除\n的假象；