centos下配置MPI，无密码SSH和NFS

     本文主要包括个节点MPI环境的安装，各节点无密码SSH连接，NFS配置。

一、各节点MPI环境的安装

   （可以参考两个文档：ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/mpich2-doc-install.pdf和http://researchweb.iiit.ac.in/~abu_saad/files/Installing_MPI.pdf）

    准备工作：centos6.2_x64系统，mpich2-1.4.1p1.tar。

    配置三个节点的MPI机群，三节点分别为：host1，host2，host3。其中host2为主控节点。

    每个节点都添加相同的用户名，有利于SSH无密码访问，我这里使用zll。

    各节点名字最好有规律一点，修改方法有两种：

  1.用vi打开/etc/sysconfig/network，命令式：vi /etc/sysconfig/network，然后看到里面有一个hostname =     ***，把后面的   修改为你想要的     host name即可，需重启。这是修改单节点的名字。

   为了各节点间能够通过节点名顺利访问各节点，需要将各节点的/etc/hosts文件加入各节点的IP和hostname。如下：

   

   准备好，开始安装。

  1.解压文件。

     

      

          

 其中mpi是安装mpi环境的目录。

   2.配置MPI

进入解压后的文件夹，执行配置命令，其中prefix后面跟的是安装目录，这个用户可以自己选择。最新版本mpich2的进程管理默    认使用hydra，而不是mpd。如果想使用mpd，添加with-pm=mpd选择mpd。

  3.编译安装MPI

    

    

    

  4.修改环境变量

     修改用户主文件夹(添加用户zll后，会主动在/home下创建用户主文件夹/home/zll下的.bash_profile文件，在PATH变量后面      添加自己的MPI路径，例如我把MPI安装在我的zll用户主文件夹mpi路径下，在PATH最后添加“：/home/zll/mpi/bin"。如下图

保存退出，并执行以下命令：source .bash_profile

测试环境变量设置

如果显示正确就是安装完成了。

5.创建文件.mpd.conf

进入用户主文件夹/home/zll（或者$HOME），

  #创建文件

#设置权限

在.mpd.conf中添加一行：MPD_SECRETWORD=zll，其中zll可以随意起，但是三个节点要一致。这主要是使用mpd命令必须加入的，为了机器件的通信，如下图：

6.修改mpd.hosts文件

在主文件夹编辑mpd.hosts,写入三个节点的hostname，如下图

7.关闭防火墙

以root账户登录系统，执行service iptables stop关闭防火墙。

8.然后运行一下命令

其中第一条命令是启动一个mpd，

mpdtrace -l 查看mpd的主机名和端口号

mpdallexit是退出命令。

如果正常表示没有发生错误。（注意rhel6.2下面，执行程序前要执行mpdboot启用一组mpd进程，个数和节点个数一样：mpdboot -n 3 -f mpd.hosts,不然出错).

9.在其他节点上面执行以上步骤（可以不执行8）.

10.测试

在主控节点上面执行以下命令：

在其他节点执行

mpd -h {主控节点ip} -p {主控节点显示的端口号} &

在主节点执行mpdtrace -l，可以显示当前ring中的主机。如果顺利，各节点同MPI成功互联了。

二、无密码SSH

原理：Master作为客户端，要实现无密码公钥认证，连接到服务器Salve上时，需要在Master上生成一个密钥对，包括一个公钥和一个私钥，而后将公钥复制到所有的Salve上。当Master通过SSH链接到Salve上时，Salve会生成一个随机数并用Master的公钥对随机数进行加密，并发送给Master。Master收到加密数之后再用私钥解密，并将解密数回传给Salve，Salve确认解密数无误之后就允许Master进行连接了。这就是一个公钥认证过程，期间不需要手工输入密码，重要的过程是将Master上产生的公钥复制到Salve上。 

1.主控节点

在主控节点的主文件目录下，执行如下命令

一路回车，不输入其他东西。这时目录下会生成一个.ssh（注意不要自己建立.ssh这个目录，否则出问题）的目录，里面会生成id_rsa和id_ras.pub两个文件，进去.ssh执行

2.其他节点

然后在其他节点的主文件目录下执行以下命令

生成.ssh文件夹，不要自己创建.ssh文件夹。

3.复制文件

将主控节点的authorized_keys文件拷贝到其他节点的.ssh目录下。

4.测试

如果没有问题，现在可以实现主控节点到其他节点无密码ssh了，执行

ssh host1和ssh host3（host2和host3是其他两个节点）

第一次要输入”yes“，回车，注意不要直接回车。之后连接就直接可以连接了。

5.注意问题

使用rsa不是dsa，每个节点的.ssh目录要使用命令ssh-keygen -t rsa生成，不要自己建。

首次连接输入yes，回车，不要直接回车。 

如果不成最好重启一下重试一次。（在rhel6.2上面我就是第一次没有成功，第二次成功了）。

三、NFS配置

三台机子是共享主控节点上主文件目录下的cluster文件夹，其中host2是nfs服务器，下面1-4在host2上面做。记得最好以root权限关闭防火墙或者在防火墙里面添加规则。

1.配置文件/etc/exports

配置文件/etc/exports，格式为：共享目录 可mount主机IP(参数1，参数2，……)

设置cluster的访问权限为777.

执行exportfs -r命令。

2.修改/etc/sysconfig/nfs

  如果不修改后面会出mount.nfs: access denied by server while mounting 10.4.14.211:/home/zll/cluster。

   在文件/etc/sysconfig/nfs添加一行：RPCNFSDARGS="--no-nfs-version 4".

  网上好多解决方法，都不行，最后发现是nfs4的问题，就是nfs版本4有问题，禁止掉就行。

3.开启相关服务

     

     

    启动以上命令的时候最好使用超级用户权限，否则有时候nfs服务打不开。

    注意centos6.2及其以上版本将portmap更换成了rpcbind。

   4.设置nfs开机自动启动

   

   5.nfs客户端

   开启nfs服务：sudo service nfs start

   开机启动nfs服务：sudo chkconfig nfs on

   可以查看可挂载的目录：showmount -e 10.4.14.211.

   挂载：mount -t nfs 10.4.14.211:/home/zll/cluster /home/zll/cluster

   开机自动挂载：在文件/etc/fstab最后一行添加：hostname（或者server ip）：/directory 本机挂载目录  nfs defaults 0 0

   例如：host2：/home/zll/cluster  /home/zll/cluster  nfs defaults 0 0

   （如果有问题，可以重启nfs服务器的nfs一下：sudo service nfs restart).

   6.测试

   可以在server端的cluster里面创建一个文件，然后在其他节点的挂载目录下看看有没有该文件，如果有表示成功。

       以上都是经过本人亲自测试过，并且成功的。