用Python进行深度学习时为何将DICOM(.dcm)数据转化为NIFTI(.nii)数据

1、预先知识(医疗数据的组成)

医 疗 数 据 的 组 成 = { 元 数 据 : 神 秘 的 数 据 , 可 以 是 病 人 的 I D 和 名 字 等 光 度 解 释 : 若 是 黑 白 照 片 则 是 0 − 255 的 灰 度 值 , 若 是 彩 色 照 片 则 是 R G B 为 0 − 255 像 素 数 据 : 不 同 类 型 的 数 据 , 即 i n t 或 者 f l o a t 型 像 素 深 度 : 黑 白 照 片 深 度 就 是 一 层 , 彩 色 照 片 深 度 就 是 三 层 医疗数据的组成= \begin{cases} 元数据:神秘的数据,可以是病人的ID和名字等\\ 光度解释:若是黑白照片则是0-255的灰度值,若是彩色照片则是RGB为0-255\\ 像素数据:不同类型的数据,即int或者float型\\ 像素深度:黑白照片深度就是一层,彩色照片深度就是三层\\ \end{cases} =ID0255RGB0255intfloat


所以,图像的大小=头部文件(包含元数据)+行✖列✖深度✖帧数(时间)所保存的数据

2、医疗图像的格式

医 疗 图 像 的 格 式 = { 1 、 D I C O M ( . d c m ) 是 D i g i t a l − I m a g i n g − a n d − C o m m u n i c a t i o n s − i n − M e d i c a l 即 医 学 数 字 图 像 与 通 信 英 文 首 字 母 的 缩 写 , 是 当 今 很 流 行 的 一 种 医 学 图 像 保 存 格 式 2 、 N I F T I ( . n i i ) 是 N e u r o i m a g i n g − I n f o r m a t i c s − T e c h n o l o g y − I n i t i a t i v e 即 神 经 影 像 学 信 息 技 术 计 划 3 、 其 他 数 据 类 型 : 不 重 要 , 不 需 要 考 虑 … … 医疗图像的格式= \begin{cases} 1、DICOM(.dcm)是Digital-Imaging-and-Communications-in-Medical\\即医学数字图像与通信英文首字母的缩写,是当今很流行的一种医学图像保存格式\\ 2、NIFTI(.nii)是Neuroimaging-Informatics-Technology-Initiative\\即神经影像学信息技术计划\\ 3、其他数据类型:不重要,不需要考虑……\\ \end{cases} =1DICOM(.dcm)DigitalImagingandCommunicationsinMedical2NIFTI(.nii)NeuroimagingInformaticsTechnologyInitiative3



3、为什么用Python进行深度学习时为将DICOM(.dcm)数据转化为NIFTI(.nii)数据

  1. 原因一:在python中,有一个库即nibabel专门用于处理.nii的文件,因此当数据格式为.nii时简化代码。
  2. 原因二:NIFTI的文件是三维的图像,而DICOM的文件为二维的多张图像,所以相对于DICOM文件,NIFTI文件更加易用于机器学习,训练的张数减少。





专业词汇翻译(自用):医疗数据的组成(Medical-Image-Components)
元数据(Metadata)
光度解释(Photometric Interpretation)
像素数据(Pixel Data)
像素深度(Pixel Depth)

你可能感兴趣的:(实验室)