在ubuntu下编译安装gmt

根据gmt官方说明首先安装所需的库

前戏：安装所需库

cmake

1. 下载
2. 解压：tar -zxvf cmake-3.13.0-rc1.tar.gz
3. 配置：make build, cd build, ../configure --prefix=/usr/local
4. make
5. make install

netcdf

github仓库

netCDF依赖库

m4

安装 sudo apt-get install m4

HDF5

1. 下载
2. 解压：tar xvf hdf5-1.8.20.tar
3. configure：mkdir build cd build ../configure --prefix=/usr/local
4. make
   ... 等待 ....
5. make install or sudo make install

curl

因为编译netcdf需要用到curl的源码，我喜欢从源码安装。如果后面make netcdf的时候出现错误，可以尝试将从apt-get安装的curl卸载掉：sudo apt-get autoremove curl

1. 下载
2. 解压：tar -zxvf curl-7.61.1.tar.gz
3. config: mkdir build cd build ../configure --prefix=/usr/local
4. make: make
5. install: make install

此时如果再不提示缺什么库的话，应该会顺利通过。如果缺什么库，编译过程中会提示缺什么，继续安装所缺库即可

安装netCDF

1. 解压： tar -zxvf netcdf-4.6.1.tar.gz
2. mkdir build mkdir bin
3. cd build
4. ../configure --prefix=/usr/local 或者其他的什么你想安装到的目录
5. make
   ... 等待 ...
6. make install

GDAL

1. 下载
2. 解压：tar -zxvf gdal-2.3.2.tar.gz
3. config: cd gdal-2.3.2 ../configure --prefix=/usr/local 注意：直接在主目录下面配置和make，不要创建build目录，不然会出现没有make目标的错误。
4. make: make
   此过程等待时间非常长....
5. install: make install

PCRE

1. 下载
2. 解压：tar -zxvf pcre-8.42.tar.gz
3. config: mkdir build cd build ../configure --prefix=/usr/local
4. make: make
5. install: make install

出现了几个警告：libtool: warning: relinking 'libpcreposix.la', libtool: warning: relinking 'libpcrecpp.la'先不管

BLAS

1. 下载
2. 解压：tar -zxvf blas-3.8.0.tgz
3. 编译生成libblas.so：gfortran -shared -O2 *.f -o libblas.so -fPIC
4. 添加环境变量到~/.zshrc: export LIBPATH=/mnt/d/Research/gmt/library/BLAS-3.8.0/libblas.so:$LIBPATH

LAPACK

1. 下载
2. 解压：tar -zxvf lapack-3.8.0.tar.gz
3. 拷贝make.inc：cp make.inc.example make.inc
4. 添加-fPIC到OPTS和NOOPT

OPTS    = -O2 -frecursive fPIC
DRVOPTS = $(OPTS)
NOOPT   = -O0 -frecursive fPIC

1. 修改lib名称

BLASLIB = ../../librefblas.so
LAPACKLIB = liblapack.so

1. 修改SRC/makefile
   将

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
    $(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
    $(RANLIB) $@

改为

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
    $(LOADER) $(LOADOPTS) -shared -Wl,-soname,liblapack.so -o $@ $(ALLOBJ) ../librefblas.so

1. 修改BLAS/SRC/Makefile
   将

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
    $(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
    $(RANLIB) $@

改为

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
    $(LOADER) $(LOADOPTS) -z muldefs -shared -Wl,-soname,librefblas.so -o $@ $(ALLOBJ)

如果你没有g77编译器，请将第2步拷贝的make.inc文件中的两个g77更换为你的fortran编译器比如gfortran

1. make

make blaslib
make lapacklib

1. 添加环境变量： export LIBPATH=/mnt/d/Research/gmt/library/BLAS-3.8.0/libblas.so:/mnt/d/Research/gmt/library/lapack-3.8.0/liblapack.so:$LIBPATH

安装OpenMP库

sudo apt-get install libomp-dev

FFTW

1. 下载
2. 解压：tar -zxvf fftw-3.3.8.tar.gz
3. 配置：make build, cd build, ../configure --prefix=/usr/local
4. make
5. make install

Ghostscript

sudo apt-get update
sudo apt-get install ghostscript

配置数据

下载

1. GSHHG
2. DCW-GMT

设置路径: 环境变量

1. GSHHG_PATH
2. DCW_PATH

编译gmt

mkdir build
cd build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local -DCMAKE_BUILD_TYPE=RelWithDebInfo ..
make -j

保持与官方仓库同步更新(针对二次开发者)

1. 查看目前的远程仓库地址：git remote -v
2. 添加官方仓库：git remote add upstream https://github.com/GenericMappingTools/gmt.git
   其中upstream是官方仓库，orgin是你fock之后存在你自己的github账户里的仓库
3. 拉取官方仓库更新：git fetch upstream
4. 切换到自己的分支，比如master：git checkout master
5. 与官方更新合并：git merge upstream/master
6. 修改远程push仓库地址：git remote set-url origin xxxx.git
7. 删除远程仓库地址:git remote rm origin

如果发现在终端不能直接用gmt命令，那是因为安装了git的插件的原因。一般这个是由于on my zsh引起的，gmt这个词被定义为了 alias g./home/zguo/.oh-my-zsh/plugins/git/git，定义的文件为:/home/zguo/.oh-my-zsh/plugins/git/git.plugin.zsh，找到这个文件打开之后把这一行注释掉，然后重新source一下或者重新打开一下终端就好了。