如何从NCBI下载SRA数据

1.找到需要的sra数据，找到对应的sample Accession，或者叫做 ：Experiment Accession。我在做的时候使用的是：Experiment Accession，因为用sample Accession，搜索结果页没有对应的那个链接：

2.打开NCBI，然后搜索：

SRX145808 3.点击： ，如下图所示：

4：，右击鼠标，选择“复制下载链接”。

进入Putty下载。

5.wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX145/SRX145807/SRR493740/SRR493740.sra

——————————————————————————————————————————————————————————————————————————】

使用sra toolkit 转换sra数据为fastq

wget  "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"

tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

convert .sra file to .fastq file

.../fastq-dump .../SRRXXXXXX.sra

or to fasta

.../fastq-dump --fasta .../SRRXXXXXXX.sra

...represents path