简化基因组技术在鱼类中的应用

2018-1-8
由于特殊原因需要对RAD鱼类方面的文章进行简述，整理思路。
老规矩，对于新领域的第一篇文献，还是中文的综述。

“简化基因组测序技术及其在海洋生物研究中的应用"边力，厦门大学，厦门大学学报，2017.1

文章首先简述了简化基因组测序技术的主要技术，然后介绍海洋生物研究中的，简化基因组技术在几个领域的应用。对于初入门的我来讲，这批文章作为入门非常合适，在这篇文章的基础上，了解了简化基因组技术的基本概念，区分不同技术之间的区别，以此的基础上进行英文文献的阅读。

"Development of SNP markers for analysis of population structure in white perch (Morone americana) using double digest restriction site-associated DNA sequencing" Li Bian,Xiamen University,Conservation Genetics Resources,2016.12

文章主要采用ddRAD技术，对Delaware河流附近的4个白鲈种群进行分析，最终将4组分成3个种群。文章比较简单，也比较粗糙，应该来讲是公司做的分析。

"Methodological assessment of 2b-RAD genotyping technique for population structure inferences in yellowfin tuna (Thunnus albacares)" CarloPecoraro,Biological Geological and Environmental Sciences,2016

文章采用2b-RAD技术，在大西洋、印度洋、太平洋三个区域采集10个点位，主成分分析判别出三个种群，文章感觉还好，大概看的出来也是公司做的。

RAD genotyping reveals fine‐scale genetic structuring and provides powerful population assignment in a widely distributed marine species, the American lobster (Homarus americanus)

收集了17个采样点共计586只美洲龙虾(Homarus americanus)，利用RAD-seq技术开发了10 156个SNP进行群体遗传分析，分析结果首先区分出了南部类群和北部类群，接着在两个类群内部总计发现11个独立的、具遗传差异的群体，后续对于经过筛选的3 000个SNP进行验证，80.8%的个体可以被准确地划分入其采样地点。

Population Genomics of the Euryhaline Teleost Poecilia latipinna

作者采集了佛罗里达南北的5个种群的茉莉花鳉，北佛罗里达有60个个体，南佛罗里达有120个样本，即一个点30个样本。经过从种间和种内两个角度去分析，这里采用的GBS方法。

Population genetics analysis of the Nujiang catfish Creteuchiloglanis macropterus through a genome-wide single nucleotide polymorphisms resource generated by RAD-seq

OK,才发现水生所还有这个重磅文章，scientific report的文章，本文研究的是怒江鲶鱼的群体遗传学，选择了怒江从上往下10个位点的种群，每个位点有20个样本左右。同时文章又将线粒体基因纳入研究范围，做一个地理种群结构。