研0的6个月回顾

11月开始了研0生活，老师确定了研究方向，我对它一窍不通，还找了博士师兄带我。刚开始没有什么目标，只是看看论文，师兄说着重看 别人的实验流程，用的什么技术。 不过我当时确实不懂，实验流程具体指什么呢？中旬左右开始复现师兄的论文。看着师兄的代码，理解着论文里一些话是什么意思。并根据论文里的实验开始跑代码。这时间成长了不少，懂得了怎么看论文，跑实验的一般流程，如何用代码实现功能，挺好的。

12月开始在BioSeq-Analysis上跑实验，开始看手册，看代码。当时面对冗杂的代码，确实没什么头绪，但是有之前复现的基础，也可以大概的跑下来，但是跑的很慢，因为这个单机包很冗余。我也没有看很多细节。

1月继续在这个单机包上跑实验，周报反馈的实验结果很少，老师说你可以都开些进程，同步来。师兄可能也看不下去了，对我说你可以改改单机包中的代码，里边很多过程没有必要。然后我开始真的沉下心一行行的看代码，确实看到很多重复过程的代码，对单机包改了很多，当然以我这垃圾水平也只是注释掉很多代码。完成之后再跑就快了很多。跑了所有的特征，但实验结果并不好。

2月放了半个月假，之后又开始跑实验。师兄回复说有个特征跑出来的结果应该是还可以的，我仔细看了下单机包中关于那个特征的代码，并和论文进行了对比，发现单机包的代码错了。改过之后结果确实和师兄论文中深度学习的结果差不多。这之后呢，在单机包上跑实验的生活就告一段落了。老师说你可以把性能较好的前几个特征线性拼接一下，看看结果能不能比论文中报道的好。之后的过程呢，忘记了。老师又说你看看能不能想一个新的特征提取方法。我就又开始看论文了，着重看了论文中的特征提取方法，并完全理解其中的细节。发现很多方法都非常相似，无非是改动了某个我认为无关紧要的小细节。但是我还是想不到什么好的方法(想到的方法都进行实验了，结果不理想，也就直接没给老师说)。之后老师说能不能把PSSM和PSFM结合起来，并给我了一篇相关的论文。我呢，想了一个公式就开始实验了，结果这还可以，比论文中报道的高一些。老师说这个公式不错，挺新颖的。我呢，小白一个，看不到这个公式的价值，感觉它很垃圾，只是个组合而已。

3月继续用这个公式按照师兄论文里的实验流程和内容开始实验了，这中间也遇到了些问题，但是非常庆幸的是老师和师兄一直在给予指导，我不至于迷茫，无方向感。在他们的帮助下，我完成了整个实验，结果也都还可以。然后老师就开始让着手写论文了，先写的中文的。写第一版的时候感觉是绞尽脑汁，到处看别人怎么写的，想着怎么变换语言。第一版应该花费了一周吧，发给老师看后，不一会儿就发来了语音通话，说论文的语言很不是书面用语，且写作习惯不好，没有边写边插文献。然后对整个论文宏观上又进行了指导。当时我只感慨老师的效率高，佩服，同时心里也很感谢老师的指导。

4月份是写论文的一个月。又开始中文稿第二版，根据老师的建议又进行完善，并规范了格式。发给老师后，老师又开始指导。从头到尾，一段一段给我看，并给我说哪不足，哪写的还不错，哪部分应该怎么写。然后我又开始了第三版中文稿，写完之后先发给师兄修改，然后再发给老师。那次老师没再说修改什么。只是说可以开始将它翻译成英文了，花了6天的时间(其实当时特迷茫，不知道怎么翻，犹犹豫豫有两天)终于完成，师兄对我的英文稿进行了修改，其实各种句式他修改的挺多的(很感谢他)，然后我又根据他的修改和建议进行完善。之后发给老师，没想到老师修改完直接拿去润色了(不知道为什么润色，毕竟我们组之前的论文好像都没让去润色，这个还花费了四千大洋，当然这钱不用我出)，润色完后我和师兄又对论文的部分细节进行修改完善，完了之后发给老师，老师又修改了些。改完之后老师对我们说，写篇论文可以考虑投BIB(9分刊，属于这个领域很好的刊了)，我当时一脸懵逼，老师真的太高看这篇论文了吧。

五月刚刚开始，昨天收到邮件，这篇论文已经投到BIB了。至此这段实验生活应该告一段落了。我也从科研小白向前迈出了一小步。对于看这篇文章的科研小白，我也给出几点建议。1）首先看你方向的综述，了解这个方向是干什么的，目前有哪些研究，还有哪些不足。2）找个论文复现一下，熟悉论文里的各个细节（师兄那篇论文我看了有几十遍吧，很多次都有新的理解）。这个可能是比较困难的，因为你刚上手，没关系，静下心，一点点来。3）看你方向最新的论文，因为你已经复现过一篇论文，你可能就更能捕捉到论文中的各种细节。对于我这个方向是看实验流程，为了支撑结论做了哪些对比实验，作者用了什么技术、方法来解决这个问题。4）之后你对这个方向就有了一定的了解，这时你可能有一些想法，你就可以尝试去实现你的想法了，然后参考之前看的实验流程和对比实验来设计你的实验。如果你还是没有想法，可以尝试再复现几篇论文，复现的过程注意想着有没有什么可以改进的地方（其实很微小的就可以），如果有，就要积极的去尝试。5）其实你的想法结果不是最好的也没关系，我看的一些论文中有些结果并不好，但还是发出来了。这些论文的方法都或多或少有一些亮点（即使这个亮点在你的实验中结果并不好）。写论文最重要的是学会讲故事，把你的创新点讲出来即可。 以上建议只是我半年科研入门生活的体会，希望对你有帮助。

总结这几个月的生活，只能用充实两字来形容。当然这其中有时候也是充满焦虑，但还好，还有老师和师兄在那。他们的存在，让我敢于不断试错(不过写论文时遇到实在写不出来的地方，我也会模糊的混过去，反正师兄还会再改，这可能是他们存在的唯一坏处了吧)。突然想到，还有一点，老师竟然让我作为论文的一作！！而且把我本科学校也加上去了。这段时间他们真的也投入了不少，像他们致敬。也希望这篇论文真的能accepted，最起码也没有辜负他们的付出。

五一过后应该会开始新的项目了，希望在下个项目中，我能够更加自如的处理一些东西，并积累一些知识和技术。希望我不是出道即巅峰，希望我不会辜负别人，也希望我可以对得起自己。