转录因子相关数据库

转录因子是通过结合特异性DNA序列控制遗传信息从DNA到信使RNA的转录速率的蛋白，转录一男子可通过修饰（甲基化、去甲基化、乙酰化、去乙酰化等修饰）与启动子进行互作结合调控，产生促进或是抑制的效果。
我们介绍几种数据库信息，通过数据库查询整理、数据库功能及用途、示例结合分析、数据库优化等这四大项，进行阐述和演示数据库的查询和使用，希望对您的实验项目有所帮助

1.数据库查询整理

①JASPAR: http://jaspar.genereg.net/
②PROMO: http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3
③GeneCards：http://www.genecards.org/Guide/Search
④Genomatix：http://www.genomatix.de/
⑤Neural Network Promoter Prediction：http://fruitfly.org:9005/seq_tools/promoter.html

2. 数据库功能及用途介绍：

①JASPAR：

The high-quality transcription factor binding profile database

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②PROMO：

A virtual laboratory for the study of transcription factor binding sites in DNA

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数据库功能：
Search for putative sites in your sequence

3.示例结合分析：

3.1 JASPAR：

以H19启动子和SP1转录因子预测信息为例

1. 打开主页面
   2.点击选择研究的种属
   3.输入对话框，查询转录因子信息

2. 输入H19的启动子信息，点击SCAN，即可获取

   
   
   

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数据库优化：该款软件，可预测已经的启动子序列和已知的转录因子，查询预测结合的序列信息，对于未知的转录因子，无法预测

3.2 PROMO：

以H19启动子和SP1转录因子预测信息为例

1. 打开主页面
   2.点击select species选择研究的种属
   3.点击select sfactors，选择转录因子

2. 输入H19的启动子信息，点击view即可获取转录因子与启动子的结合序列信息

   
   
   

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数据库优化：该款软件，可预测已经的启动子序列和已知的转录因子，查询预测结合的序列信息，对于未知的转录因子，无法预测