graph_tool MacOS 安装与配置

graph_tool MacOS 安装与配置

graph_tool虽然是个python库，但是毕竟是要做大量数据计算的，因此graphtool在底层使用了Boost, CGAL 和 expat这几个C++库(Boost是扩展的标准库，CGAL是一个计算几何算法库，expat是一个XML解析器)。

这就导致了使用通常的pip和easyinstall不太好直接安装。

安装过程主要参考 graph_tool Installation instructions。

因为我电脑中之前已经装好了homebrew，所以整个的安装过程基本上是通过homebrew来完成。

• 首先需要安装Commond Line Tools，它是在Xcode中的一款工具，可以在命令行中运行C程序

  打开mac终端，在终端中输入以下命令：

  xcode-select –install

  然后按回车，在弹出来的窗口中点击“安装”，同意许可。然后等待安装完毕。

  检验是否安装成功的方法是继续在终端中输入：

  xcode-select –install

  按回车之后如果返回以下内容，说明安装成功：

  command line tools are already installed, use “Software Update” to install updates

• 安装好之后重新打开终端，开始通过homebrew安装graph_tool

  在终端中输入以下命令：

  brew tap homebrew/science

  brew install graph-tool

  安装时间比较长，需要耐心等待

• 通过homebrew和以往通过pip安装的包不在同一个目录中，所以电脑里出现了两个site-packages文件夹

  为了让python能使用homebrew安装的graph_tool，需要把homebrew的site-packages路径添加到python的sys.path路径中

  依然是在终端中，输入以下两条命令：

  mkdir -p /Users/shaowenye/Library/Python/2.7/lib/python/site-packages

  echo ‘import site; site.addsitedir(“/usr/local/lib/python2.7/site-packages”)’ >> /Users/shaowenye/Library/Python/2.7/lib/python/site-packages/homebrew.pth

  命令中的“shaowenye”是我电脑的名字，需要根据自己电脑的名称进行修改

  上面这些操作是创建了一个位于 /Users/shaowenye/Library/Python/2.7/lib/python/site-packages 的文件 homebrew.pth，指向 /usr/local/lib/python2.7/site-packages，内容为：import site; site.addsitedir(“/usr/local/lib/python2.7/site-packages”)

• 完成以上所有步骤之后重新打开终端，在终端中输入python，进入python交互界面，然后输入：

  >>> from graph_tool.all import *

  如果不报错说明安装成功了