1.早期功耗估计
需要提早就估算好芯片的功耗是多少，才能做好供电设计和散热设计。
下面是Altera对于Cyclone III器件的功耗估计excel表格：
http://www.altera.com.cn/support/devices/estimator/cy3-estimator/cycloneiii_epe_72sp1.xls
如果设计已经基本完成，QuartusII软件也可以根据实际设计估算功耗。
2.I/O支持
A. 三类I/O标准，包括Single-ended(单端），Voltage-referenced（参考电压），Differential（差分）。三者各有优缺点。不过在实际应用中，使用哪种标准，往往由FPGA连接的芯片决定。
B.灵活的I/O bank。8个bank的I/O电压和Vref参考电压可以不一样，但在每个bank内部必须一致。在I/O电压确定的情况下，还可以有一定的兼容性。比如2.5V和3.3V的兼容性。
C.外部内存接口。支持ddr,ddr2,qdrII，需要专门的管脚。以前的sdram和sram当然也支持，不需要专门的管脚（把时钟脚小心处理更好）。使用top和bottom的bank速度更快，最快支持200MHz。这里简单介绍，做高速设计，得多查文档。
D.Pin-Out文件。QuartusII工程编译后会生成该文件，里面对引脚的描述就是该引脚最终确定的功能。对这个文件的检查，可以帮助我们明确问题。一些多功能引脚，需要小心处理。
3.选择FPGA配置方案
下面是原文中的配置方案的表格，说得很清楚。
配置方案很多，包括
Active serial (AS)：
单芯片，使用Altera的EPCS系列芯片，配置速度第3。芯片价格较贵。
Active parallel (AP)：
单芯片，使用特定型号的FLASH（INTEL P30,P33)，配置速度第1。芯片价格便宜。但需要占用FPGA 40个管脚（16data+24addr)。
Passive serial (PS)：
被动方式，需要额外的控制器参与。配置速度第4.
Fast passive parallel (FPP)：
被动方式，需要额外的控制器和flash芯片。配置速度第2。flash芯片价格便宜。需要占用FPGA 8个管脚(8data)。
Joint Test Action Group (JTAG)——调试使用
配置方案的选择，由MSEL pin控制。
选择考虑：是否需要fast power-on reset (POR) time ，达到快速上电工作的目的。
封装不同，支持的配置方案也不同。
配置方案的选择，需要考虑配置时间的要求。
AS和AP模式，FPGA的DCLK为输出，最大速度40MHz。PS和FPP模式，FPGA的DCLK为输入，上升沿采样。最大速度为100MHz。
下载电缆包括：
USB-Blaster，目前最常用的。价格中等，下载配置文件到FPGA的速度快。不想购买的话，可以从网上下载pcb，采购器件自己做。
ByteBlaster II，常见，最便宜，但是下载速度慢。同样可以自己做。器件规模大了用这个会慢得很痛苦。
EthernetBlaster，不常见，价格贵，下载速度快。
目前，强烈建议使用USB-Blaster，除非对价格太敏感。
可以通过FPGA的JTAG接口，烧写EPCS配置芯片。需要用到Serial Flash Loader这个Altera提供的IP核。
使用MAX II芯片，PS或者FPP模式，也有MAX II Parallel Flash Loader这个IP核，来通过MAX II芯片JTAG烧写FLASH。
AP模式，有FPGA-Based Parallel Flash Loader这个IP核，通过FPGA的JTAG烧写FLASH。
4.配置特性
AS和PS模式，配置文件可以选择压缩模式，能减少配置文件的大小。
远程系统升级，不熟悉，待补充
5.PLL锁相环
强大的PLL功能，包括时钟倍频，分频，相移，可编程占空比，输入时钟切换，PLL级联，PLL动态重配，动态相移，扩展频谱时钟，外部时钟输出和控制信号。
相对于Cyclone和Cyclone II，现在Cyclone III增加了PLL的动态重配功能。
PLL的时钟输入，必须使用FPGA的专用时钟输入脚（dedicated clock
input pins）或者另一个PLL的时钟输出。也就是说，PLL可以级联。
输入时钟切换：可以给PLL输入双时钟，当使用的输入时钟失效时，可以自动或者手动切换使用另一个备用输入时钟。
PLL有5个输出。如果要输出到专用外部时钟输出脚，建议用C0输出，这样jitter最小。当然也是可以使用其它的输出的。
如果对输入时钟和PLL的输出时钟，有相位上的要求，就得了解PLL的相位补偿模式的设置。
6.芯片内部调试方法
A.SignalProbe Incremental Routing 不改变目前的布线，引出内部信号到一个没使用的I/O上。
B.SignalTap II Embedded Logic Analyzer 嵌入式逻辑分析仪，可以捕捉实时的内部信号。是最常用的调试工具。需要消耗一定的LE和M9K资源。使用时，如果想减少对原设计的影响和编译时间，可以反标原设计，使用增量编译模式。
C.Logic Analyzer Interface 等效于多路选择器，把多个内部信号通过少量的管脚输出。可以切换输出哪些信号而不用重新编译。适合于把信号引出给外部的逻辑分析仪。
D.In-System Memory Content Editor 在线修改内存或者常量的值。
E.In-System Sources and Probes 能对内部节点给一个简单的激励信号，然后捕获输出。
F.Virtual JTAG Megafunction 能对内部节点给一个简单的激励信号，然后捕获输出。和上面的方式有不同的地方。