yanailab- CEL-Seq2 pipeline

Install celseq2

git clone https://github.com/yanailab/celseq2.git

cd celseq2

pip install ./

在安装过程中总是会有报错，应该是依赖的软件版本问题。。。

Step-1: Specify Global Configuration of Workflow

第一步就是构建一个config file，内容包括参考基因组的索引路径，GFF3路径， barcodes 表的路径，bowtie2的路径，，，，

new-configuration-file -o /path/to/CEL-Seq2_config.yaml

vi 

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Step-2: Define Experiment Table

第二步构建实验设计表格，内容主要是barcodes 以及lanes. 官方例子：

SAMPLE_NAME	CELL_BARCODES_INDEX	R1	R2
wonderful_experiment1	1-9	path/to/lane1-R1.fastq.gz	path/to/lane1-R2.fastq.gz
wonderful_experiment2	10-18	path/to/lane1-R1.fastq.gz	path/to/lane1-R2.fastq.gz
wonderful_experiment1	1-9	path/to/lane2-R1.fastq.gz	path/to/lane2-R2.fastq.gz
wonderful_experiment2	10-18	path/to/lane2-R1.fastq.gz	path/to/lane2-R2.fastq.gz

step-3: Run Pipeline of celseq2

最后就是一个命令行开始运行pipeline： 

celseq2 --config-file /path/to/CEL-Seq2_config.yaml \
    --experiment-table /path/to/wonderful_experiment_table.txt \
    --output-dir /path/to/result_dir \
    -j 10

运行可能会出现：TypeError: snakemake() got an unexpected keyword argument 'configfile' 这个错误

这是因为 snakemake 版本问题，该程序需要snakemake < =5.6.0.  因此需要删除原来的版本安装个低版本的。

conda uninstall snakemake 

pip install snakemake==5.5.0