CEL-Seq2

单细胞：CEL-Seq2 数据分析（劝退篇）

参考文献：CEL-Seq2:sensitivehighly-multiplexedsingle-cellRNA-Seqgithub：GitHub-yanailab/CEL-Seq-pipeline下载：
11的雾·2024-02-09 04:42

单细胞seurat入门—— 从原始数据到表达矩阵

根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10XGenomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本
生信小博士·2023-11-27 02:06

【scRW】[3]Single-cell RNA-seq data - raw data to count matrix

根据所用文库的制备方法，RNA序列（(alsoreferredtoasreadsortags）将从转录本（10XGenomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops）或全长转录本（Smart-seq
RachaelRiggs·2023-06-11 08:45

单细胞计数矩阵是如何生成的？（二）

1.文库制备根据所使用的文库制备方法，RNA序列（也称为读数或标签）将来自转录本（10XGenomics、CEL-seq2、Drop-seq）的3'末端（或5'末端）,inDrops)或来自全长转录本(
冷冻工厂·2022-11-20 09:22

NGS原理- 单细胞转录组测序-介绍CEL-seq2, Drop-seq, SCRBseq, Smart-seq

转载自https://www.plob.org/article/9429.html导读在单细胞研究的大潮中，新的测序方法层出不穷。不过，很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家WolfgangEnard最近领导团队，在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一些常用的单细胞测序方法，包括Smart-seq、CEL-seq、SCRB-seq和Drop-seq。Smart-seqSMART（S
老_Z·2021-04-21 06:16

yanailab- CEL-Seq2 pipeline

Installcelseq2gitclonehttps://github.com/yanailab/celseq2.gitcdcelseq2pipinstall./在安装过程中总是会有报错，应该是依赖的软件版本问题。。。Step-1:SpecifyGlobalConfigurationofWorkflow第一步就是构建一个configfile，内容包括参考基因组的索引路径，GFF3路径，barco
uqyuan0515·2020-09-13 03:02

单细胞转录组数据校正批次效应实战（中）

刘小泽写于19.6.24、29和花花毕业流浪，武汉完事转向成都继续进行剩下两个数据集第二个数据--CEL-seq2,GSE85241Muraroetal.(2016)利用CEL-seq2技术并结合UMI
刘小泽·2020-07-09 21:19

NGS原理- 单细胞转录组测序-横评 CEL-seq2, Drop-seq, MARS-seq, SCRBseq, Smart-seq和Smart-seq2

本文系统的比较了6种主流的单细胞RNA测序方法：CEL-seq2,Drop-seq,MARS-seq,SCRBseq,Smart-seq和Smart-seq2，从而为我们合理的选择
老_Z·2019-12-30 13:40
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