linux安装rjags找不到JAGS动态链接库

BiocManager::install(“infercnv”) 安装失败
其主要原因是自己的机器是64位linux系统,从网上下载JAGS的源码,编译之后,安装,发现安装到了lib目录下,而不是lib64目录下;
运行程序,就提示找不到链接库,可用locate命令搜一下

注:/lib64是内核级的,/usr/lib64是系统级的,/usr/local/lib64是用户级的.
/lib/ — 包含许多被 /bin/ 和 /sbin/ 中的程序使用的库文件。目录 /usr/lib/ 中含有更多用于用户程序的库文件。/lib目录下放置的是/bin和/sbin目录下程序所需的库文件。

1、简单做法,直接拷贝,

cp /usr/lib/libXXX.so /usr/lib64/
cp /usr/lib/libXXX.so /usr/local/lib64/
方法简单,一两个文件还行,但文件多怎么办,这么做有点效率低,

2、配置参数做法

就是在configure的时候,将需要的参数指定好;

我们先看一下 帮助;

./configure --help

Standard options:
–prefix=PREFIX install architecture-independent files in PREFIX
[/usr/local]
–exec-prefix=EPREFIX install architecture-dependent files in EPREFIX
[PREFIX]
–bindir=DIR install binaries in DIR [EPREFIX/bin]
–libdir=DIR install libs in DIR [EPREFIX/lib]
–includedir=DIR install includes in DIR [PREFIX/include]
–extra-asflags=EASFLAGS add EASFLAGS to ASFLAGS
–extra-cflags=ECFLAGS add ECFLAGS to CFLAGS
–extra-ldflags=ELDFLAGS add ELDFLAGS to LDFLAGS
–extra-rcflags=ERCFLAGS add ERCFLAGS to RCFLAGS

我们关注一下这几个参数

–prefix=PREFIX 指定这个参数,可以安放执行程序的目录,一般我们指定为 /usr

–exec-prefix=EPREFIX

–bindir=DIR

–libdir=DIR 指定生成库的存放目录 我们指定到 /usr/lib64

./configure --prefix=/usr --libdir=/usr/local/lib64

如果enable share

./configure --prefix=/usr --libdir=/usr/local/lib64 --shlibdir=/usr/local/lib64

这样配置一下,再编译安装,就可以将生成的库文件,放到lib64目录下了;

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