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分子动力学模拟——VMD多分子处理及脚本（2）

准备文件

导入原始的X射线衍射晶体结构文件

file>New molecule >Browse>name.pdb>load

模拟分子在水溶液中的状态

将工作目录指定到正确的路径

cd 目录

执行模拟

mol new name.pdb

导入无坐标信息的psf模拟文件

和导入晶体结构信息一样，但是文件后缀为psf

为psf导入坐标信息

在main窗口选中psf 然后右键，选择load data to the molecule
出现一个被水分子包围的蛋白结构。

以VMD显示晶体结构分子

操作如前所示

Tcl控制台操作

set crystal [atomselect top “all” ]
此时变量crystal代表的是所有原子
因此$crystal 代码 代表的是对crystal执行操作

$crystal set beta 0

此时分子颜色变成一致的

两个蛋白结构比对

1、选择原子

set atomsel1 [atomselect 0 "alpha"]
set atomsel2 [atomselect 1 "alpha"]
ste M [measure fit $atomselect0 $atomselect1]

2、将两个结构移动到合适位置

$crystal move $M

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