amber中使用TIP4P水模型参数文件的生成

TIP4P水模型在特定情况下会使用于分子动力学模拟之中,同时,本文只以TIP4P为例介绍非TIP3P水模型如何通过ambertools的leap模块构建参数文件。主要参照Amber2016 Reference Manual中3.5章节Solvents所介绍,给出一个tleap.in脚本样式,如下图:

amber中使用TIP4P水模型参数文件的生成_第1张图片

必须注意:使用leap产生的参数最好不要更换机器,实践证明,使用A机器生成参数而使用B机器进行后续运算会导致最终按照TIP3P水模型运行,轨迹以及rst文件保存的pdb中的水不包含EPW参数,如果必须更换机器请务必检查!测试amber14以上版本运行错误

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