Win10安装openslide-python接口处理医学SYS格式文件

下载

首先进入官网下载Win10平台的Binaries文件，需要根据自己的系统下载32位或64位Binaries文件

配置与安装

然后解压，放置在你想要放置的目录，添加bin以及lib环境变量

然后输入

pip install openslide-python

安装完成后就可以使用了

SVS转PNG

我们以文件夹第一张图为例，由于这里我们的SVS存储的格式为RGBA四个通道，所以转成jpeg会报错（别问我怎么知道它存的RGBA，因为我存JPG报错了的φ(゜▽゜*)♪），报错如下：

---------------------------------------------------------------------------
KeyError                                  Traceback (most recent call last)
e:\anaconda3\envs\paddle\lib\site-packages\PIL\JpegImagePlugin.py in _save(im, fp, filename)
    613     try:
--> 614         rawmode = RAWMODE[im.mode]
    615     except KeyError as e:

KeyError: 'RGBA'

The above exception was the direct cause of the following exception:

OSError                                   Traceback (most recent call last)
-input-12-38951423c55b> in 
----> 1 im.save("your_file.jpg")

e:\anaconda3\envs\paddle\lib\site-packages\PIL\Image.py in save(self, fp, format, **params)
   2156 
   2157         try:
-> 2158             save_handler(self, fp, filename)
   2159         finally:
   2160             # do what we can to clean up

e:\anaconda3\envs\paddle\lib\site-packages\PIL\JpegImagePlugin.py in _save(im, fp, filename)
    614         rawmode = RAWMODE[im.mode]
    615     except KeyError as e:
--> 616         raise OSError("cannot write mode %s as JPEG" % im.mode) from e
    617 
    618     info = im.encoderinfo

OSError: cannot write mode RGBA as JPEG

使用如下代码进行处理，我们可以使用matplotlib库进行显示，利用PIL库将图片存为PNG或TIFF格式都是可以滴

import openslide
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image

test = openslide.open_slide('DATASET_A_DIB/SAS_21883_001.svs')
img = np.array(test.read_region((0, 0), 0, test.dimensions))
print(img.shape)
im = Image.fromarray(img)
im.save("your_file.png")
plt.imshow(img)
plt.show()

我建议最好存成TIFF格式，因为TIFF格式在医学图像更为通用，当然TIFF格式比PNG格式大得多，如下所示

PNG格式

TIFF格式

我们将两者图片放大，TIFF加载更快，但两种格式在这次的SVS数据集上并无差别

支持

由于网站位于国外，下载比较困难，我这里上传至CSDN一份，也可以评论留言获取