使用Windows做生信 | WSL生信分析环境搭建

以前联系linux都是安装虚拟机，不过现在微软发布了Windows子系统（WSL），使我们可以非常方便地获得linux环境，进行联系甚至用于实际的工作和生产中。下面，就让我们一起来看一下，如何在WSL中搭建生物信息学分析环境吧。在服务器中，可以按照相同的方法进行生信环境的搭建。

1.WSL的安装

安装WSL可参考我的博文《安装Ubuntu on Windows子系统》进行系统的下载和安装。

2.WSL的美化

打开安装好的ubuntu系统，默认的系统界面比较丑陋：

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不过我们可以对系统界面进行一些修改，在上面的标题栏电击鼠标右键，选择属性进行设置，根据个人的偏好进行设置即可：

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另外，如果你想进行更多个性化的设置，也可以选择安装cmder（所谓颜值也是生产力，推荐使用！O(∩_∩)O哈哈~）：

Cmder is a software package created out of pure frustration over the absence of nice console emulators on Windows. It is based on amazing software, and spiced up with the Monokai color scheme and a custom prompt layout, looking sexy from the start.

下载完cmder解压皆可使用，不过cmder并不默认打开WSL，需要我们进行相应的设置。点开右下角绿色的加号，选择Setup tasks，然后选择Startup，勾选Command line，在里面输入如下命令，选择save settings就可以了：

%windir%\system32\bash.exe ~ -cur_console:p:n

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设置好后，每次启动cmder时，就会自动进入ubuntu系统:

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另外，如果对cmder的界面不满意，还可以在Setup tasks中进行更多个性化的设置：

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3.系统的基本设置

（1）设置vim配置，使其支持语法高亮和行号

在home目录下创建.vimrc文件，在文件中输入如下代码，保存即可：

filetype on
syntax on
set nu
set cindent
set tabstop=4
set softtabstop=4
set expandtab
set shiftwidth=4
set ruler
set backspace=indent,eol,start

为ubuntu添加国内下载源

ubuntu系统默认为国外下载源，下载速度比较慢，可以添加国内的下载源以加快下载速度：

# 进入下载源文件存储文件夹
cd /etc/apt
# 备份原sources.list文件（需要管理员权限）
 sudo mv sources.list sources.list.bak
# 打开sources.list文件
vim sources.list
# 在sources.list文件中添加阿里云的下载源，保存文件
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial main
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial main

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-updates main
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-updates main

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial universe
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial universe
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-updates universe
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-updates universe

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-security main
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-security main
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-security universe
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ xenial-security universe
# 更新源
apt update

更新成功后，我们就可以从阿里云的镜像中下载软件了。举个例子：

# 下载R
apt install -y r-base

安装成功：

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3.安装bioconda

为什么安装bioconda以及bioconda的安装方法见我的另一篇博文《使用Bioconda管理生信软件》。
由于bioconda的镜像在国外，下载速度非常慢且不稳定，可以按照《使用Bioconda管理生信软件》中的方法安装清华大学的镜像。另外，基因课最近也做了一个bioconda镜像，现在正在公测，可以通过如下方法安装：

使用方法一【推荐】：

直接修改 ~/.condarc 文件，内容如下

channels:
  - http://mirror.genek.tv/conda/bioconda/
  - http://mirror.genek.tv/conda/conda-forge/
  - http://mirror.genek.tv/conda/r/
  - defaults

使用方法二：

conda config --add channels http://mirror.genek.tv/conda/bioconda/
conda config --add channels http://mirror.genek.tv/conda/conda-forge/
conda config --add channels http://mirror.genek.tv/conda/r/

大多数生物信息学软件都可以通过bioconda进行安装。值得注意的是，有些软件在bioconda中的名字会改变，和原来名字不一样。遇到这种情况时，可以到bioconda官网中进行检索，看看有没有名字修改的情况。比如，我们要安装sra-toolkit,无法在conda中检索到该软件：

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这时，我们可以到bioconda官网，使用关键词进行检索，看看是否有名字改变的情况出现：

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发现有个sra-tools，是个什么东东，点开看一下：

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原来这就是sra-toolkit啊，让我找的好苦，o(╥﹏╥)o

以后，就可以使用conda轻松安装各种生物信息学软件了。