RNA-seq-软件下载+下载数据

软件安装

miniconda安装

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh

配置镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

查看当前conda环境

conda info --envs

激活/进入conda的rna环境，避免每次用-n rna

source activate rna

安装 sra-tools软件

conda search sra-tools
conda install -y sra-tools

出现3个done为成功

数据下载

解读SRA数据库规律一文就够
https://mp.weixin.qq.com/s/1BTerwyy1vD425bFMPc6RQ
可以更改SRR号的ncbi
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRR1039508&go=go
别人下载好的数据，我链接过来的

不知道为什么我一直下不下来

SRA转fq文件时的报错

最后一个转成功的，没有报错