10X单细胞云工具 | Marker基因可视化（附视频）

云工具-Marker基因可视化

做了单细胞测序，想自己分析下各marker基因在细胞中的表达情况，无奈不会写代码。别担心，联川“10X单细胞数据分析-Marker基因可视化”云工具上线了，听说可以同时绘制 基因表达tSNE图，基因表达小提琴图，基因表达DotPlot图 及 亚群分类tSNE图 哦，满足各种绘制需求，还免费，再不来看开发人员都更新啦~

云平台网址：https://www.lc-bio.cn/tool/47

云工具绘制图片展示

Marker基因可视化云工具可绘制以上四种图片，主要展示各marker基因在不同cluster的表达情况，辅助我们对cluster进行细胞鉴定（手把手教你用Marker基因定义细胞亚群 ）。

Marker基因可视化图片输出：1.分析介绍_腾讯视频

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数据选择界面

由于单细胞数据比较庞大（几十至百G），直接上传数据会非常浪费时间，因此，只要您在我司做过单细胞项目且已经结题，您只需要选择相应的数据进行绘图就可以啦，无需上传庞大的作图文件哦！数据选择的界面如下，如果您还未在我司做过单细胞的项目或者您的单细胞项目还未结题，以下界面只会出现DEMO的示例数据，您也可以先用DEMO数据练练手。

云工具初始界面

如果您点击编辑后，出现以下界面，可能是您的数据已经备份，请将您选择的合同号及数据信息发邮件至[email protected]，我们会第一时间处理。

Marker基因可视化图片输出：2.输入文件_腾讯视频

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工具构成

该工具主要包含功能选择面板（其中视频介绍详细介绍了各个功能及参数调整的方法）、参数调整及结果展示3部分：

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一键作图

1.上传基因列表

A. 输入文件格式

输入文件每一列代表一类细胞对应的marker基因，每一列基因绘制在一张图上，当基因过多时，比如有20个以上的marker基因，为防止图片过度拥挤，请拆分多列填写。请注意该文件第一行为表头，用于输出文件名，可以是中文，但是不允许重复。

最最重要的是，GeneName一定要和您数据中的基因名完全一致，否则该基因将无法绘图。GeneName可以通过summary/4_Markergene_result/all_cluster_gene_avg_exp.xlsx查看，也可以在输入数据中搜索进行查看。以cd3为例，搜索到包含该信息的结果很多，选择需要绘图的基因填写即可。

B.输入文件检查

如果您不确定输入的基因是否正确还是是否有其他别名，您直接上传文件，会自动检查您上传的列表的基因名，如果有部分基因名不一致，会出现以下界面：

自动检查出未匹配的基因，可根据实际情况重新修改相关的基因名（可能是大小写不匹配，也有可能是其他基因别名）。如果不修改未匹配的基因名，分析时会自动过滤掉该基因，如果该基因比较重要，建议修改后再重新上传。

C.已知marker基因绘图

我们还内嵌了部分物种组织的已知marker基因，你可以选择跟您物种和组织一致的marker基因进行绘图。目前已知marker基因的物种及组织类型有限，如果您的项目组织类别不在相关类型内，建议您基于已发表文献查找相应的marker基因，上传列表进行分析。

2.点击分析

表格上传完成后，点击开始分析就可以啦~~如果您的细胞数量比较多（1万个细胞大约分析2-5分钟），或者您上传的基因列表列数比较多或者选择输出图片格式种类比较多，分析时间会相应延长，请耐心等待！分析完成后，可以点击下载按钮，打包下载图片，如果对某一张图片不满意，再进行细节调整就可以啦~

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作图细节调整

基因表达tSNE图

3.基因表达tsne图参数调整_腾讯视频

基因表达小提琴图

Marker基因可视化图片输出：4.基因表达小提琴图参数调整_腾讯视频

基因表达DotPlot图

Marker基因可视化图片输出：5.基因表达DotPlot图参数调整_腾讯视频

单细胞亚群分类tSNE图  

Marker基因可视化图片输出：6.细胞亚群分类tsne图参数调整_腾讯视频

不要怀疑，以上各种展示形式该云工具都能实现哦，赶紧来联川云平台试试吧~~

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温馨提示

由于10x单细胞的数据量比较大，每调整一个参数图片都会实时加载，且随着细胞数量的增加加载的时间也会相应增加，调整图片的过程还请您耐心等待（此外，重要的事情说三遍：调图的过程中不能刷新页面，不能刷新页面，不能刷新页面）！

绘图参考文献

【1】Butler A , Hoffman P , Smibert P , et al. Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species[J]. Nature Biotechnology, 2018.

B站直播

https://www.bilibili.com/video/BV14z411v7fx

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