今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish。期刊是 Nature microbiology
image.png
重复的图片是Figure2中的直方图
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首先是模拟数据
直方图的数据相对比较简单，只需要准备一列x和一列y即可
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另存为csv格式，存储到Rstudio的工作目录下。这边我命名为 example_1.csv
读入数据
df<-read.csv("example_1.csv",header=T)
df
最基本的直方图
使用geom_col()函数
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_col()
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如果想要让柱子紧挨着，去除柱子之间的空白，可以加一个width=1这个参数
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_col(width = 1)
image.png
为边框设置颜色用到的是color参数
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_col(width = 1,color="black")
image.png
更改柱子的填充颜色用到的是fill参数
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")
image.png
更改x轴和y轴的标题，可以用labs()函数
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")
image.png
去掉灰色的背景，通过主题函数theme()进行设置
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")+
theme(panel.background = element_blank())
image.png
加上x轴和y轴的线条
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")+
theme(panel.background = element_blank(),
axis.line = element_line())
image.png
添加一条垂直的辅助线，用到的是geom_vline()函数
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")+
theme(panel.background = element_blank(),
axis.line = element_line())+
geom_vline(xintercept = 4,lty="dashed",color="red")
image.png
添加右侧粉红色的矩形框，用到的是geom_rect()函数
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")+
theme(panel.background = element_blank(),
axis.line = element_line())+
geom_vline(xintercept = 4,lty="dashed",color="red")+
geom_rect(aes(xmin=4.02,xmax=4.5,ymin=0,ymax=1200),
fill="red",alpha=0.2)
image.png
最后是添加一些文本注释，使用的是annotate()函数
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")+
theme(panel.background = element_blank(),
axis.line = element_line())+
geom_vline(xintercept = 4,lty="dashed",color="red")+
geom_rect(aes(xmin=4.02,xmax=4.5,ymin=0,ymax=1200),
fill="red",alpha=0.2)+
annotate("text",x=0,y=1250,label="Specialist microbes")+
annotate("text",x=4,y=1250,label="Generalist microbes")
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