影像组学Python包 pyradiomics 保姆级教程

最近帮我哥装pyradiomics,但是遇到的问题实在太多了,我决定出个教程,从头解决到尾。

第一步:安装Python

为什么要强调这个呢,因为在整个过程中,涉及到一个叫做“环境变量”的东西,如果Python安装的时候没有勾选那个勾,那么Python就不会被添加到系统环境变量里去,导致插件安装不成功。安装的时候一定记得选这个“Add Python 3.9 to PATH”,选完之后安装过程会自动添加到系统环境变量里去。

另外,Install Now是默认安装,会直接帮你装在C盘。Customize installation是自定义安装,包括可勾选的一些安装部分,和自定义安装路径。在本教程的区别在于,如果选择默认安装,安装成功的setup successful界面最底下会有个申请管理员权限的警告,一定要记得点击那个警告,授予权限,否则添加环境变量仍然会失败
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如果你忘了勾选,在后面的插件安装过程里就会出现这样的报错:“python或 pip’不是内部或外部命令

自己手动添加环境变量是可以的,但是我试了很多都不成功,最简单直接的办法就是重装~

正确安装之后,在cmd中输入pip回车,会弹出相关信息无报错;
再输入python回车,会出现python版本信息,此时python已经正确添加到系统环境变量中。(测试完之后记得关掉cmd,因为此时进入了python环境,但是后续的安装是在cmd环境中完成的)
另外,win10环境下,cmd指令可以复制粘贴,这个很省事
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第二步:PIP换源

Python3.4以上自带pip,如果没有,建议重装Python~

在用pip安装插件的时候,需要用到网络下载,但是直连会非常的慢,我在安装的时候甚至是20kb/s的速度,导致timeout超时报错。这个时候就需要用到国内镜像。可以把国内镜像当做原始库的复制版。用得比较多的就是清华的镜像。

流程是这样的,win+R键(或者win10 任务栏搜索运行,点击)
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输入%HOMEPATH%,打开系统用户文件夹
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在用户系统文件夹中建立一个pip文件夹。
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在pip文件夹里建立一个txt文档,里面粘贴如下代码

[global]
index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

保存退出,并将txt文档名改为pip.ini。
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第三步:pyradiomics包下载和C++ 14.0安装

GitHub下载太慢了,当然你也可以用fast插件,我这里提供一个云盘链接。
链接:https://pan.baidu.com/s/1rr4OHSM-8Pn_9RyvMxc3RA
提取码:q58b

下载之后解压,解压路径最好在盘符目录下全英文,因为这样后面输入地址会比较短。当然我也不知道有中文会不会报错。比如这样
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在后面的安装过程中,还需要C++ 14.0库的支持,上面的云盘链接里也一并包含,可以下载后自行安装。但是,C++ 14.0需要.net framework 4.5以上的支持,这个可以自行去微软官网下载安装。

第四步:安装pyradiomics

  1. 调出cmd,进入pyradiomics的文件路径。键入“cd /d 你自己的pyradiomics路径”,注意空格,然后回车。参考如图
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  2. 输入python -m pip install -r requirements.txt,回车。此条指令会执行依赖下载,可以理解成插件运行所必要的一些内容。之前pip换源会让下载变快,下载完之后会自动执行安装,最后弹出Successfully字样表示依赖下载成功,
  3. 输入python setup.py install,回车。此条指令运行会比上一条久一些,弹出很多内容,但是都不用管。
  4. 打开Python,输入import radiomics,不报错则表示成功。当然,你也可以进入Python路径下的Lib\site-packages,检查是否有对应的包
    影像组学Python包 pyradiomics 保姆级教程_第10张图片
    最后强调:如果安装过程出现Error,则说明安装失败,有报错,需要解决对应问题

本文参考:
https://blog.csdn.net/qq_36667170/article/details/79275605
https://blog.csdn.net/yuzaipiaofei/article/details/80891108
https://blog.csdn.net/JianJuly/article/details/79017168

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