8运行不了_入门2玩不了Pyradiomics,先玩3D Slicer

     先说买电脑吧。由于以前想上转录组学习,也在筹备着配置新电脑。在一个群里有人直接说“直接劝退16G内存以下”。所以基础配置是内存16G,硬盘500G以上,最好1T。最先关注的是联想本,考虑性价比后(太Qiong),最后在JD上下定了华为的MagicBOOK PRO Linux版。

     电脑很快就寄到了,装的是Linux版本,对于没有游戏需求的话,Linux也挺好用的,感觉比我现在的Win10更舒服。开始干活,先是安装最新的Python 3.8,然后Pycharm。进入Pycharm的setting,先更新pip,接着安装numpy,安装numpy时总是出错,只能回到终端里安装。numpy安装成功后再次安装pyradiomics,但是怎么也装不上,总是报错。这个过程很痛苦,折腾了一个晚上没有解决,寒冷的冬夜,自行脑补。

    后来无意中在The Python Package Index (PyPI)发现了问题。

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原来pyradiomics不支持太新的Python3.8,只支持3.7及再早期一点的版本。卸载3.8后重新安装3.7。终于顺利安装pyradiomics。

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    问题接着来,虽然pyradiomics安装完成,但是程序运行不了。

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import radiomics程序执行不了。于是在python终端跑一遍,还是到result的时候出现问题。因为我弟的电脑跑出了结果,想让他帮我找下问题。不得不吐槽Linux版QQ,太烂了,不能远程控制。无奈,重装Win10。

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(理论上跑出来的结果)

   win10上又是一系列的下载安装,最后的结果和Linux一样的错误。pyradiomics库的问题应该还是系统安装问题,暂时搁置。

   玩不了Pyradiomics(特征提取),还可以玩ROI的分割。目前图像分割的软件很多,影像组学文献使用Mazda,3D slicer和ITK SNAP比较多。ITK SNAP是单纯分割,没有特征提取功能,而且之前也玩过,还算了解。Mazda下载了,只是稍微了解。3D slicer不但能进行分割,还有第三方扩展,包括Matlab,也可以扩展Pyradiomics,比较适合进行影像组学分析。可是下载3D slicer也是个麻烦事,官网的下载速度是几kB/s,165MB需要十几个小时。

   这时候我想到我的腾讯云服务器。

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从网页的源代码只找到1023243这个文件的链接,先下着试试,发现也是165MB。与其等十几个小时,不如先下下来看看。

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腾讯云服务器的下载速度也就十几MB/s,整整下了3个小时。但是下载下来的1023243也不知道是什么文件,把文件名改成.exe,没想到真的是个安装程序。

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玩不了Pyradiomics,先玩3D Slicer。

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等掌握pyradiomics的使用后在写点影像组学基础。

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