Aspear下载NCBI SRA数据

之前一直用wget 远程下载NCBI SRA的测序数据，但是不知怎么回事网速巨慢（<1kb）；网上查了下用Aspear下载貌似还挺快，速度可达10M/S。

linux版下载地址：百度网盘https://pan.baidu.com/s/1jH9Kd1O

安装步骤：

1. 解压之后  sh aspera-connect-3.6.1.110647-linux-64.sh

2. 上述命令之后，home目录下会出现.aspera/ 的文件夹，执行文件就在里边

下载命令：

ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 200m [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP***/SRP******/SRR*******/SRR*****.sra ./

-T 表示不加密下载；

-i   下载密钥，软件自带；

-l 设置最大传输速度；

--user=string   用户名，NCBI的为anonftp，EBI的为era-fasp；

--host=string   ftp的host名，NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk；

--mode=string 选择模式，上传为 send，下载为 recv。

此外测序数据上传至NCBI也可用Aspera，见本人之前的博客NCBI－SRA数据上传流程。