利用主成分分析（PCA）、线性判别分析（LDA）、KPCA、Isomap、LLE、Laplacian Eigenmaps将数据投影到两维

机器学习上机题目：

给定一组3维数据，分别利用主成分分析（PCA）、线性判别分析（LDA）、KPCA、Isomap、LLE、Laplacian Eigenmaps投影到两维，并画出结果图。（注意：swiss-data.txt的第一维是类别标号，共3类，仅为LDA用。）

实现（调用python的sklearn）：

# -*-coding:utf-8
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给定一组3维数据，分别利用主成分分析（PCA）、
线性判别分析（LDA）、
KPCA、
Isomap、
LLE、
Laplacian Eigenmaps投影到两维，并画出结果图。
（注意：swiss-data.txt的第一维是类别标号，共3类，仅为LDA用。）
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import sys,os
import numpy as np
import random


import matplotlib.pyplot as plt



#注意：swissroll-data.txt的第一维是类别标号，共3类，仅为LDA用。
#数据预处理，返回 (2000,4)
def pre_dataset(path):
    data = []
    for line in open(path,"r"): #设置文件对象并读取每一行文件
        right_line = []
        pre_ata = line.split('\r')
        pre_ata =  pre_ata[0].split(' ')
        for x in pre_ata:
            if len(x) > 5:
                x = float(x)
                right_line.append(x)
        data.append(right_line)
            
    array_data = np.array(data)
    return array_data 


#线性判别分析（LDA）
def lda_visualization(x_data,y_data):
    from sklearn.discriminant_analysis import LinearDiscriminantAnalysis
    lda = LinearDiscriminantAnalysis(n_components=2)
    lda.fit(x_data,y_data)
    X_new = lda.transform(x_data)
    tile_name = 'lda'
    plt.title(tile_name)
    plt.scatter(X_new[:, 0], X_new[:, 1],marker='o',c=y_data)
    plt.savefig('result/'+tile_name+'.jpg')
    plt.show()

#主成分分析（PCA
def pca_visualization(data,y):
    from sklearn.decomposition import PCA
    pca = PCA(n_components=2)
    pca.fit(data)
    X_new = pca.transform(data)
    tile_name = 'pca'
    plt.title(tile_name)
    plt.scatter(X_new[:, 0], X_new[:, 1],marker='o',c=y)
    plt.savefig('result/'+tile_name+'.jpg')
    plt.show()

#kernel: “linear” | “poly” | “rbf” | “sigmoid” | “cosine” | “precomputed”  KPCA
def Kpca_visualization(data,y,kernel_):
    from sklearn.decomposition import KernelPCA
    if kernel_ == 1:
        kernel_ = 'linear'
    elif kernel_ == 2:
        kernel_ = 'poly'
    elif kernel_ == 3:
        kernel_ = 'rbf'
    elif kernel_ == 4:
        kernel_ = 'sigmoid'
    elif kernel_ == 5:
        kernel_ = 'cosine'
    Kpca = KernelPCA(kernel=kernel_)
    Kpca.fit(data)
    X_back = Kpca.transform(data)
    tile_name = "Kpca-kernel_"+kernel_
    plt.title(tile_name)
    plt.scatter(X_back[:, 0], X_back[:, 1],marker='o',c=y)
    plt.savefig('result/'+tile_name+'.jpg')
    plt.show()

#Isomap 等度量映射
def Isomap_visualization(data,y):
    from sklearn.manifold import Isomap
    embedding = Isomap(n_components=2)
    X_transformed = embedding.fit_transform(data)
    tile_name = "Isomap"
    plt.title(tile_name)
    plt.scatter(X_transformed[:, 0], X_transformed[:, 1],marker='o',c=y)
    plt.savefig('result/'+tile_name+'.jpg')
    plt.show()

#LLE 局部线性嵌入
def LLE_visualization(data,y):
    from sklearn.manifold import locally_linear_embedding as LLE
    X_transformed, err = LLE(data, n_neighbors=12,n_components=2)
    tile_name = "Laplacian_Eigenmaps"
    plt.title(tile_name+"\n Reconstruction error:"+str(err))
    plt.scatter(X_transformed[:, 0], X_transformed[:, 1],marker='o',c=y)
    plt.savefig('result/'+tile_name+'.jpg')
    plt.show()

#LE 拉普拉斯特征映射
def LE_visualization(data,y):
    from sklearn.manifold import SpectralEmbedding as SE
    se = SE(n_components=2)
    X_transformed = se.fit_transform(data)
    tile_name = "Laplacian_Eigenmaps"
    plt.title(tile_name)
    plt.scatter(X_transformed[:, 0], X_transformed[:, 1],marker='o',c=y)
    plt.savefig('result/'+tile_name+'.jpg')
    plt.show()


if __name__ == '__main__':
    data = pre_dataset('swissroll-data.txt')
    y_data = data[:,0]
    x_data = data[:,1:]
    print (x_data.shape,y_data.shape)

    lda_visualization(x_data,y_data)
    pca_visualization(data,y_data)
    Isomap_visualization(data,y_data)
    LLE_visualization(data,y_data)
    LE_visualization(data,y_data)
    for i in range (1,5):
        Kpca_visualization(data,y_data,i)

实现结果：