CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录（1）确定目标基因

引子

前阵子才写道：
CRISPR-Cas9基因敲除实验步骤 Month 4 --可能的收官之帖（但还远未结束）
说自己收官之作，哪里想到这么快就要继续开始新的实验了。

有几点要声明：首先，这些记录都是我真是的实验思路历程，出于保密原则，不会透露课题任何敏感信息，所有例子均为杜撰；其次，我知无不言但不一定能言尽，毕竟篇幅有限；再者，这些只是我个人的记录，回答疑问仅是出于好意；之前有人问我要protocol，其实我想说，思路是最重要的，实验protocol哪里去拿不到呢；最后，我感谢一直以来帮助我的人们，正是因为接受了这么多的帮助，才促使我写下这些纪录希望能帮助到别人，感谢。

今天主要的内容是准备工作

1. preparation

(1) clear objectives 明确目标--敲除抑癌基因 2019/07/16~2019/07/18

首先，登录Catalogue Of Somatic Mutations In cancer (COSMIC) Database https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic

[图片上传失败...(image-2bfdf5-1563514224716)]

其次，根据癌症类型查看肿瘤体细胞突变统计，并下载体细胞突变list。

find and download

接着，找到tumor suppressor gene database https://bioinfo.uth.edu/TSGene/，摸索并下载相应的肿瘤抑制基因数据list

TSGs

同时，通过网页搜索，尽量查到更多关于Tumor suppressor gene相关信息

https://www.cellsignal.com/contents/resources-reference-tables/human-oncogenes-amp-tumor-suppressor-genes/science-tables-oncogene

CST with oncogene and tumor suppressor gene

再者，使用R语言将从不同database获取得到的tumor suppressor gene的list进行overlap，再查阅overlap剩余基因在目的细胞中的表达水平--该部分依赖生物信息学技术，本部分结果省略。

最后，最终还需要文献再次确认该基因与自己课题项目的相关性，并其做好文献背景调查，最终确认目的基因。

2. 小结

首先知道自己要做什么，明确目标之后要尽可能利用自己能用到的所有资源，快速，精准的筛选目的基因。

感谢师兄DZ