单细胞转录组学习笔记-7-scRNAseq包的学习1

https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2/blob/master/scRNA/study_scRNAseq.html

要使用scRNAseq这个R包，首先要对它进行了解，包中内置了Pollen et al. 2014 的数据集（https://www.nature.com/articles/nbt.2967），到19年8月为止，已经有446引用量了。只不过原文完整的数据是 23730 features， 301 samples，这个包中只选取了4种细胞类型：pluripotent stem cells 分化而成的 neural progenitor cells (NPC，神经前体细胞) ，还有 GW16（radial glia，放射状胶质细胞） 、GW21（newborn neuron，新生儿神经元） 、GW21+3(maturing neuron，成熟神经元) ，它们的关系如下图（NPC和其他三类存在较大差别）：

image

要想知道数据怎么处理的，可以看：https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.datasets/human/tissues/

每次加载data(fluidigm)总是报错？？？

Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) : 
  Timeout was reached: Connection timed out after 10000 milliseconds
In addition: Warning message:
'data(fluidigm)' is deprecated.
Use ReprocessedFluidigmData() instead. 

内存不足