学习小组Day3笔记--李文静

正式生信入门第3天了，对自己信心 Up up up up, 期待能坚持下去。

今天学习Linux下的软件安装。

准备工作

• 看云服务器上是否有压缩软件/程序/命令bzip2
  bzip2
• 如果没有，需下载
  yum install -y bzip2

了解conda

Conda is an open-source,cross-platform,language-agnostic package manager and environment management system.

conda, 是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言和任何类型的软件。

Miniconda，顾名思义，它只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择。就只包含最基本的东西，其他的库得自己装。

Anaconda, 则是一个打包的集合，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，就是把很多常用的不常用的库都给你装好了。

下载miniconda

用puffy登陆服务器，进入biosoft目录
cd biosoft
用wget命令下载miniconda官网下载链接
wget 复制的下载连接
注：.sh 是UNIX/LINUX操作系统的脚本（就是一个程序，后台的代码）文件扩展名。

安装miniconda

用bash运行这个安装所使用的脚本
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

激活miniconda

source ~/.bashrc

添加镜像

把下面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

查看软件列表
conda list
搜索软件fastqc
conda search fastqc
安装软件fastqc
conda install fastqc -y
卸载软件fastqc
conda remove fastqc -y

不同的conda环境

查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
激活新的conda环境rnaseq
conda activate rna-seq
卸载rna-seq环境中的fastqc软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y
要卸载该环境下，整个环境的全部软件,也就是卸载该环境；需要先退出当前环境再卸载该环境
退出该环境
conda deactivate
卸载环境rnaseq
conda remove -n rna-seq --all

Day 3

学习感悟

今天进行了更进一步的操作实践，理论和实践相结合，对自己越来越有信心了。
学到新知识的感觉真美妙！
今天刚好值夜班，晚上的时间充裕，学习笔记是我一个字一个字母敲进去的，可以加深印象。
研究计算机的人智商肯定高，
多学习多用脑希望可以跟上时代的步伐，同时预防老年痴呆。
谢谢花花和豆豆，是我学生信的启蒙老师~~~~