cromwell学习：WDL+CWL引入

WDL+CWL引入

cromwell知多少？

cromwell是适应于科学工作的工作流管理系统，就是我们串流程时可以使用的一个调度器，支持多个计算平台，从公共云到HPC调度器，重点是它可以支持两种语言格式：Workflow Description Language (WDL) 和 Common Workflow Language (CWL)，再重点是这两种语言都被GA4GH项目接受，WDL是著名的broadinstitute开发的。

所以，有这么好的用户社区，用这两种语言，你的项目也就具有普遍接受价值，成为行业规范，而cromwell支持这两种语言，了解cromwell，熟悉WLD的语法规范，将我们的业务逻辑用这种语言表示，形成清晰的DAG。

WDL初步介绍

cromwell+wdl

cromwell

两种模式来使用：单例模式（one command, one workflow）和接受REST queries的服务器，包含高效的几点特征，比如中断后只能恢复任务的 call caching 方案。源码是Scala写的。

WDL

WDL是一种人们易读易写的语法格式，将开发人员从编程语法中解放出来，更多的精力去关注业务逻辑的实现，在workflow中定义task，连接这些task形成DAG，可方便实现任务并行及依赖。

OpenWDL

随着WDL用户社区变大，成为社区用户驱动的标准，有了openwdl。

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接下来的几篇文章，重点介绍我在学习cromwell和WLD的过程，觉得是坑踩过、一些问题的经验或解决办法、甚至是我不懂的地方留坑待填。记录学习，做总结，不翻译。

解决方案都可以从文档中找到，找不到的就去各方沟通，想了解更多请去源码那边。

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注：

• cromwell源码：https://github.com/broadinstitute/cromwell
• cromwell文档：https://cromwell.readthedocs.io/en/stable/
• WDL文档：https://software.broadinstitute.org/wdl/documentation/quickstart
• GTAK+cromwell+WDL: https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035889771-Pipelining-GATK-with-WDL-and-Cromwell