2019-12-11

找到SRA号

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在右上角的搜索框中输入 bacteria genome

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随便选择一篇文章

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有一句话说SRA号在Table 1
找到Table 1

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随便选一个 （我选了最小的那个）不能直接复制 只能连接到SRA数据库 在这个页面复制

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下载

sratoolkit --version

下载文件

prefetch SRR8648835

下载的时候出现了与链接https://cloud.tencent.com/developer/article/1518672
相同的问题 也试过用linux课上的Redhat下载 问题以运 过了几天再次去尝试 就没有了... 不知道为什么

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位置在ncbi/public/sra

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fastq-dump --gzip --split-files SRR8648835.sra

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质控 去接头

fastqc --veision

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fastqc -o ~/job4/ SRR8492865_1.fastq.gz SRR8492865_2.fastq.gz

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java -jar ~/biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRR8492865_1.fastq.gz  SRR8492865_2.fastq.gz ~/job_4/SRR8492865_forward_paired.fq.gz ~/job_4/SRR8492865_forward_unpaired.fq.gz ~/job_4/SRR8492865_reverse_paired.fq.gz ~/job_4/SRR8492865_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/scarlett/biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75

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SRR8648835_1_fastqc.html

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untitled.png

untitled1.png

untitled2.png

untitled3.png

untitled4.png

untitled5.png

untitled6.png

untitled7.png

SRR8648835_2_fastqc.html

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11.png

spades组装

spades.py -1 SRR8492865_forward_paired.fq.gz -2 SRR8492865_forward_unpaired.fq.gz -o ~/job_4/spades_out

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出现了上述情况 内存不足 电脑是4G的 把虚拟机内存改成2G也没有 用seqtk处理一下 减少文件大小
先解压为fastq文件

gunzip -c SRR8648835_forward_paired.fq.gz > SRR8648835_forward_paired.fq
gunzip -c SRR8648835_reverse_paired.fq.gz > SRR8648835_reverse_paired.fq

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将forward和reverse各抽出100000条

seqtk sample -s 60 SRR8648835_forward_paired.fq 100000 > SRR8648835_forward_paired_out.fq
seqtk sample -s 60 SRR8648835_reverse_paired.fq 100000 > SRR8648835_reverse_paired_out.fq

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再用spades组装

spades.py -1 SRR8648835_forward_paired_out.fq -2 SRR8648835_reverse_paired_out.fq -o ./spades_out

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应该是成功了？只有warning
看了一下spades_out文件夹

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成功

Quast评价组装的基因组效果

quast.py ~/job_4/spades_out/contigs.fasta -o ~/job_4/quast_out

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