2019-12-04 Day3 继续学习Linux

软件管理Miniconda

最方便快捷的软件下载器，相当于App store，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可

安装Miniconda

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”
=》进入：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
=〉接下来，查看自己服务器是多少位的：输入命令 uname -a
=》安装python3.6对应的版本
=〉右键-复制下载链接

cd ~/biosoft
用wget命令
wget 刚才复制的下载链接
「for Windows」粘贴不是，选中，鼠标左键点右键点
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了
如果报错source ~/.bashrc

添加镜像—
把下面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
官方channel：
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels genomedk
清华源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
腾讯源
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/peterjc123/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/pytorch/

已添加的channel里查看
vim ~/.condarc

使用Miniconda

查看当前所有软件列表 conda list
搜索软件 conda search XXX
安装软件 conda install XXX -y
卸载软件 conda remove XXX -y

安装命令:conda install gatk
which 软件名”来查看该软件安装的位置：which gatk
安装特定的版本:conda install 软件名=版本号 conda install gatk=3.7

查看已安装软件:conda list
更新指定软件:conda update gatk
卸载指定软件:conda remove gatk

环境“conda environment”。

生信中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的 分身！！按照项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不扰。

查看当前conda环境conda info --envs (前面带*的就是默认的)
退出conda环境： . ./deactivate
（base）这是conda的基本环境

conda create -n python2 python=2
-n: 设置新的环境的名字
python=2 指定新环境的python的版本
conda会创建一个新的python2的环境，并且会很温馨的提示你只要输入conda activate python2就可以启动这个环境了
退出环境 conda deactivate

删除环境conda remove -n myenv --all

重命名环境
原理是先克隆一个原来的环境，命名成想要的名字，再把原来的环境删掉即可
接下来演示把一个原来叫做py2的环境重新命名成python2：
conda create -n python2 --clone py2
conda remove -n py2 --all

查看当前conda环境conda info --envs (前面带*的就是默认的)

1.png

image.png

image.png

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