【shell笔记>生信|专项】生信数据处理技能手札(2)：ssh

2017.6.1

Working with Remote Machines

We'll learn how to make working with remote machines as effortless as possible so you can focus your time and efforts on the project itself.

connecting to Remote Machines with SSH

SSH是加密且linux通用的，作为最常用的一种工具，很值得学习。

直接ssh后面跟上ip地址，这个时候它依据你这个用户名查看主机相同用户名并会提示你输入密码，因为我没有在主机创建wsx这个同名称的用户名，所以没有相应密码来登入主机。

ssh 10.205.17.118
[email protected]'s password: 
Permission denied, please try again.
[email protected]'s password: 

我们可以指定主机用户名，比如用@将ip与用户名分隔（user@domain），然后输入相应的密码，就可以进入了。

wsx@wsx-ubuntu:~$ ssh [email protected]
[email protected]'s password: 
Welcome to Ubuntu 16.04.2 LTS (GNU/Linux 4.4.0-75-generic x86_64)

 * Documentation:  https://help.ubuntu.com
 * Management:     https://landscape.canonical.com
 * Support:        https://ubuntu.com/advantage

34 packages can be updated.
0 updates are security updates.

*** System restart required ***
Last login: Tue May  9 21:16:12 2017 from 10.205.17.116

然后你就可以远程操作主机进行工作任务了。

当我们使用的不是默认的22端口时，需要使用-p选项显示地指定端口：

类似于ssh -p 22 [email protected]

其他一些选项可以参考http://man.linuxde.net/ssh，或者使用man ssh命令查看。

存储常用的ssh主机地址

​ 当使用主机时，我们可以会频繁地登入登出，为了方便，我们可以设置一个ssh配置文件。创建和编辑~/.ssh/config文件，按以下格式进行记录：

Host bio_serv
     HostName 192.168.237.42
     User cdarwin
     Port 50453

如果你本地的用户名和端口与主机一致，可以不用设定，设置好之后，我们可以使用ssh bio_serv进行登入主机啦。

可以查看你的主机名：

wangshx@wangshx-KVM:~$ hostname
wangshx-KVM

wangshx@wangshx-KVM:~$ whoami   #查看使用该主机的用户
wangshx

频繁地键入密码可以不安全且繁琐，可以使用公用密钥来解决这个问题。

首先通过ssh-keygen命令生成一个公共密钥/私人密钥对，注意公共密钥可以发布到其他服务器，但是私人密钥必须安全保存，不要共享。

wsx@wsx-ubuntu:~$ ssh-keygen -b 2048
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/wsx/.ssh/id_rsa): 
Enter passphrase (empty for no passphrase): 
Enter same passphrase again: 
Your identification has been saved in /home/wsx/.ssh/id_rsa.  # private key location
Your public key has been saved in /home/wsx/.ssh/id_rsa.pub.  # public key location
The key fingerprint is:
SHA256:4UmiCSBerwUMMQlA2GsE4lCHAZYghVsF46NlpOeeyhg wsx@wsx-ubuntu
The key's randomart image is:
+---[RSA 2048]----+
|^&&Bo            |
|@BB+o            |
|.*B. o. o        |
|.*oooo + o       |
|....o   S        |
| . .             |
|E o              |
|oo               |
|o.               |
+----[SHA256]-----+

可以使用空密码，建议输入一个密码。

然后把公共密钥的文件内容拷贝到主机~/.ssh/authorized_keys文件中。

可以使用ssh-copy-id命令（下面两种方式都可以）自动完成这个操作：

ssh-copy-id user@server 
ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa.pub user@server
来自: http://man.linuxde.net/ssh-copy-id

如果登入的时候还是提示需要密码的话，可以接着是键入ssh-add命令，它会自动帮我们管理密钥。

wsx@wsx-ubuntu:~$ ssh wangshx
Welcome to Ubuntu 16.04.2 LTS (GNU/Linux 4.4.0-75-generic x86_64)

 * Documentation:  https://help.ubuntu.com
 * Management:     https://landscape.canonical.com
 * Support:        https://ubuntu.com/advantage

34 packages can be updated.
0 updates are security updates.

*** System restart required ***
Last login: Thu Jun  1 18:08:05 2017 from 10.200.37.3

可以看到，现在可以非常快速和容易地连上主机了。

用nohup和tmux保持长时间运行的工作

在远程主机上的工作一般是长时程的，容易出意外而挂掉。所以这里推荐使用两种工具。

nohup的使用非常简单，只需要在执行的命令前加上nohup即可。

nohup program1 > output.txt &
[1] 10900                  # 这里返回程序的Pid

这样就可以将程序后台挂起，并长时间工作，不会被系统的hangup信号打断。

另一种方式是使用一种称为终端多路转接器(terminal multiplexer)的工具，程序为tmux。

Tmux允许我们创建一个包含多个窗口的线程，每一个都能够单独运行程序。非常方便对线程进行恢复，允许永久线程（一直运行，不会因为关掉终端或者连接丢失而挂掉）。

Ubuntu中可以直接用apt-get命令进行安装。

假如我们要创建一个分析Maize SNP calling的线程，可以通过以下命令

tmux new-session -s maize-snps

-s选项指定线程名字，以便于区分。运行这个命令后会开启一个新的窗口，左下方标注了线程名，右下方标注了用户系统名与时间。

它最方便之处在于可以detach和attach线程。

detach通过control键加a再加d，attach操作使用tmux attach命令即可。

http://www.cnblogs.com/bamanzi/p/tmux-mouse-tips.html

http://mingxinglai.com/cn/2012/09/tmux/

相要详细了解它，可以参考上述博文和一些官方文档。

下面列出常用的快捷键和子命令

Key sequence	Action
Control-a d	Detach
Control-a c	Create new window
Control-a n	Go to next window
Control-a p	Go to previous window
Control-a &	Kill current window (exit also works)
Control-a ,	Rename current window
Control-a ?	List all key sequences

Subcommand	Action
tmux list-sessions	List all sessions.
tmux new-session -s session-name	Create a new session named "session-name"
tmux attach-session -t session-name	Attach a session named "session-name"
tmux attach-session -d -t session-name	Attach a session names "session-name", detaching it first