GPOPSIM软件介绍

GPOPSIM软件: https://github.com/SCAU-AnimalGenetics/GPOPSIM

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摘要

背景:
基于群体的基因组数据和表型数据经常被用于研究GWAS, GS等领域. GPOPSIM软件是一个模型软件, 可以模拟系谱数据, 表型数据和基因组数据, 可以设定群体的遗传参数, 性状的遗传参数等. 软件提供了一些列参数, 用户可以设置多性状数据的相关遗传参数, 生成系谱数据, 表型数据和基因组数据.

结果:
GPOPSIM软估比较适合GWAS, GS的相关研究.

参数设置

整体参数设置

Overall: 群体结构, 染色体长度, 染色体数目
Marker: 每个染色体上的标记数, 标记的分布, 标记和QTL的突变率
QTL: QTL的分布, QTL的数目, QTL在多性状的分布
Trait: 性状的数目, 性状类型, 遗传力, 遗传相关
Population setting: 群体大小, 选择父本数, 选择木本书, 世代数, 选择的标准, 交配的标准, 变异率

GPOPSIM流程图

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GPOPSIM参数介绍