4.Autodock使用最后一步docking

1.首先Docking--Macromolecule--Set rigid filename

找到文件夹下面的protein.pdbqt文件--打开选定蛋白质分子

2.再点击Docking--ligand--open--找到文件夹下面的ligand.pdbqt--打开--accept（接受默认小分子参数）

3.记下来选择Docking算法--search parameters--local search parameters（这个比较快）

{另外注明：genetic Algorithm更精准，但是耗时长（建议用这个处理）}

4.接受默认参数accept--

5再点击Docking parameters--accept

6.输出Docking参数文件

Docking--Output--Local Search--弹出保存窗口（保存到我们建立的文件夹下面：文件名.dpf）

再回到DOS窗口的CMD下面（注意还是我们建立文件夹下面）

7.输入命令：

autodock4 -p 文件名.dpf -l 文件名.dlg

回车，完成！！

完成后在文件夹下面多了一个.dlg文件,这个就是最终的docking结果