ScorpioGirl的单细胞学习笔记汇总

Seurat官方教程：https://satijalab.org/seurat

• Seurat官方教程1 | 整合受刺激与对照PBMC数据集：https://www.jianshu.com/p/8a3692d1676a
• Seurat官方教程2 | 多模式数据分析：https://www.jianshu.com/p/e19e76d44287
• Seurat官方教程3 | 使用Seurat分析、可视化和集成空间数据集：https://www.jianshu.com/p/67f3c4285b4d
• Seurat官方教程4 | pbmc3k_tutorial最新版：https://www.jianshu.com/p/2b5c5c849ec0
• Seurat官方教程5 | Using Seurat with multimodal data：https://www.jianshu.com/p/f3dedfd4954d
• Seurat官方教程6 | CITE-seq, RNA + ADT的WNN分析：https://www.jianshu.com/p/ceee6aa17335
• Seurat(v4)官方教程7 | Introduction to scRNA-seq integration：https://www.jianshu.com/p/683f7690d3cf

单细胞教程OSCA：http://bioconductor.org/books/release/OSCA/

• OSCA教程1 | SingleCellExperiment：https://www.jianshu.com/p/81f7d8ffe647

单细胞course：https://scrnaseq-course.cog.sanger.ac.uk/website/index.html

单细胞NBS：

在本教程中，我们将对来自10X和snATAC-seq技术产生的成年小鼠大脑的单细胞ATAC-seq测序数据进行整合分析。该示例的所有数据可以从以下链接进行下载：http://renlab.sdsc.edu/r3fang/share/github/Mouse_Brain_10X_snATAC/

• 教程：https://nbisweden.github.io/workshop-scRNAseq/exercises.html
• 视频：https://nbisweden.github.io/workshop-scRNAseq/schedule

SingleRBook：http://bioconductor.org/books/release/SingleRBook/

空间转录组：https://bookdown.org/lambdamoses/museumst/

ATAC教程：

• https://www.archrproject.com/bookdown/index.html
• scATAC-seq technologies